Kuusi muurihirven alalajia asuu noin 88 000 neliökilometrillä tai hieman yli puolessa Kalifornian maista. Kolumbian mustahäntäpeura, Rocky Mountain -muulinhirvi ja Kalifornian muurihirvi asuvat hajallaan olevissa elinympäristöissä osavaltion pohjoisissa maakunnissa. Kaikki kuusi alalajia näyttävät hyvin samanlaisilta, ja turkin värissä ja merkinnöissä on vain pienet erot.
Kolumbian mustahäntäpeura
Kolumbian mustahäntäpeura on Kalifornian yleisimpiä alalajeja. Niitä esiintyy suuressa osassa Pohjois-Kaliforniaa, rannikkoalueilla Oregonin rajalta Santa Barbaran piirikuntaan ja sisämaahan Cascade-Sierra Nevadan vuoriston länsirinteeseen. Jotkut näistä populaatioista ovat muuttavia, viettävät kesät vuorilla ja talvet alemmilla korkeuksilla. Toiset, erityisesti rannikkojen lähellä olevat, asuvat ympäri vuoden. Nimensä mukaisesti kolumbialaisella mustahäntäpeuralla on kokonaan mustat hännät ja suhteellisen pieni selkälaastari
Kalliovuori Muuli Peura
Rocky Mountain -muulin peuroja, osavaltion kolmanneksi eniten alalajeja, esiintyy pääasiassa Cascade-Sierra Nevadan alueelta itään Lassenin, Shastan, Siskiyoun ja Modocin läänissä. He yleensä viettävät talvet Suuren altaan autiomaassa ruokkiakseen katkeraa ja salvia. Kesäisin he matkustavat 50 lentokilometriä ylöspäin korkeille vuorille. Rocky Mountain -muulin peurat ovat suurimpia alalajeja, ja niillä on pääsääntöisesti suurimmat sarvet. Heillä on suuri, valkoinen selkäranka ja hännän kärki vain musta.
Kalifornian muulihirvi
Osavaltion toiseksi yleisin alalaji, Kalifornian muulihirvi, vaihtelee Sierra Nevadan länsirinteellä sekä San Bernardinon, San Gabrielin ja Tehachapin vuoristossa. Sekä asuvat että muuttavat populaatiot esiintyvät. Kalifornian muulihirvieläimillä on suurempi selkäranka ja vähemmän mustaa hännässä kuin Kolumbian mustahäntäpeillä. Hännällä voi näyttää olevan pitkä viiva. Ne sekoitetaan usein eteläisen muulin peuraan, jolla on huomattavasti suurempi mustan nauhan.
Hybridit
Koska ne ovat samoja lajeja, Kalifornian muulipeuran alalajit voivat ja voivat helposti risteytyä joutuessaan kosketuksiin toistensa kanssa. San Francisco Bayn alueen eteläpuolella sijaitsevilla rannikkoalueilla Kalifornian muulihirvet hybridisoituvat laajasti Kolumbian mustahäntäpeurojen kanssa.