Luonnon monimuotoisuudestaan tunnetulla Malesialla on 15 000 kukkakasvia. Kansakunnan kasvisto ja eläimistö ovat kuitenkin vakavan uhan alla ja kokeneet 70 prosentin alkuperäisen kasvun ehtymisen. Kansainvälisen luonnonsuojeluliiton (IUCN) punaisen luettelon mukaan Malesiassa on 686 uhanalaista kasvilajia vuodesta 2007. Malesian lait suojaavat lintuja, nisäkkäitä ja hyönteisiä. Kasvistoa ja eläimistöä suojellaan vain, jos ne kasvavat kansallispuistossa tai -alueella.
Malesian tärkeimmät metsätyypit ovat Giam Kanching tai harvinainen dipterokarppimetsä, mangrovemetsä, turvesuottometsä ja vuoristoinen ericaceous -metsä, Worldwide Wildlife Fundin mukaan. Dipterokarppuu, joka tunnetaan hedelmistään, jossa on kaksi siipisiä siemeniä, kasvaa maalla, joka on hieman merenpinnan yläpuolella noin 900 metrin korkeuteen. Matalan tasangon metsiä, jotka ovat jopa 300 metriä merenpinnan yläpuolella, on tuhottu maatalouden ja muun maa-intensiivisen toiminnan vuoksi. Vaikka tasku dipterokarppuja on suojattu Kanching Forest Reserve -alueella, tätä lajia pidetään punaisessa luettelossa kriittisesti uhanalaisena - sukupuuton partaalla.
Tämä lihansyöjäinen trooppinen kasvi kasvaa vain sammaltaisissa metsissä 2000-2600 metrin korkeudessa Boruson Trus Madi -vuorella. Nepenthes macrophyllassa on kannunmuotoisia lehtiä, jotka roikkuvat kymmenen metrin pituisista viiniköynnöksistä. Hyönteiset liukuvat kukan vahamaisesta yläosasta happo-altaaseen, jota erittävät rauhaset kukka-alaosassa, ASEANin biologisen monimuotoisuuden ja ympäristönsuojelun katsauksen mukaan. IUCN: n punaisella listalla Nepenthes macrophylla on luokiteltu kriittisesti uhanalaiseksi.
Punaisen listan kriittisesti uhanalaiseksi katsottu Taxitheliella richardsii on sammal Sematophyllaceae-perheessä ja kotoisin Malesiasta. Ainoa tunnettu alue (alle 10 km²), josta sammal on löydetty, on Sarawakissa, Malesian osavaltiossa Luoteis-Borneossa. Taxitheliella richardsii kasvaa puumaisilla viiniköynnöksillä ja mätänneillä tukkeilla subtrooppisissa metsissä, elinympäristö, joka häviää puunkorjuun ja puunkorjuun vuoksi.