Ekosysteemi määritellään eläinten, kasvien ja mikro-organismien yhteisöksi, jotka selviävät ja ovat vuorovaikutuksessa toistensa kanssa samassa ympäristössä. Ekosysteemit voivat olla pieniä ja suuria. Yksi esimerkki on metsäekosysteemi, jossa elävät olennot, jotka ovat rinnakkain ympäristön fyysisten tekijöiden, kuten lämpötilan, auringonvalon ja hapen, kanssa. Metsäekosysteemi riippuu suurten resurssien saatavuudesta menestymiseen.
Metsäkatos on tärkeä osa metsäekosysteemiä. Se koskee puu- tai kasvikruunuyhteisön yläosaa. Metsäkatos toimii rajapintana ilmakehän ja maan välillä. Katos on myös metsien ekosysteemin muiden biologisten organismien ylempi elinympäristö. Se koostuu enimmäkseen suurista puista. Metsäkatoksen rakenne ei ole sama kaikissa metsäekosysteemeissä, koska se riippuu ravinteiden saatavuudesta, puiden järjestelystä ja eroista biologisissa lajeissa. Yli puolet kasvilajeista löytyy metsän ekosysteemistä, joten biologinen monimuotoisuus on suurin metsäkatoksessa. Suurin osa organismeista pystyy selviytymään metsäkatoksesta, koska se altistuu suoraan auringonvalolle ja sadevedelle.
Metsäpohja on metsäekosysteemin selkein piirre. Se koostuu kaatuneista lehdistä, varret, oksat, oksat ja kuori maaperän pinnalla. Metsän pohja sisältää myös orgaanisia ja epäorgaanisia aineita. Monet elävät organismit, kuten sienet, bakteerit ja muut mikro-organismit, asuvat metsänpohjassa. Se sisältää runsaasti ravinteita ja mineraalipitoisuuksia. Metsänpohjalla on merkittävä rooli ravinteiden siirtymisessä metsäekosysteemin elinkaaressa. Suurin osa metsäekosysteemin hiilestä ja energiasta lisätään metsän kerroksiin ajan myötä. Suurin osa metsän ekosysteemin ravinteista tulee metsän pohjasta orgaanisten aineiden hajoamisen vuoksi.
Maaperä on metsäekosysteemin piirre, johon ilmaston, geologian, sademäärän ja kasvillisuuden muutokset vaikuttavat. Lauhkean metsän maaperä on hedelmällisempää, koska puiden lehdet putoavat maahan joka syksy. Tämä pentue vaikuttaa orgaanisen materiaalin kerroksiin, jotka löytyvät metsämaaperästä. Vanhoista lehdistä tulee ruoan lähde bakteereille ja sienille. Nämä organismit helpottavat lehtien ja muun orgaanisen materiaalin hajoamista. Hajoaminen rikastuttaa metsämaata, koska se tarjoaa enemmän ravinteita metsän ekosysteemin eläville puille ja kasveille. Trooppisten sademetsien maaperän laatu on kuitenkin heikko rankkasateiden takia. Jatkuva sade heikentää ja liuottaa maaperän ravinteita ennen kuin puut voivat hyötyä niistä.