Ekosysteemin ehtymisellä tai pilaantumisella on usein ihmisen toiminnan aiheuttamia pitkäaikaisia vaikutuksia. Nämä vaikutukset voivat vaikuttaa sekä ekosysteemissä eläviin organismeihin että ihmisiin. On olemassa ohjelmia rappeutuneiden ekosysteemien palauttamiseksi, mutta nämä ohjelmat pyrkivät yksinkertaisesti kuntouttamaan - ei toistamaan aikaisempia olosuhteita.
Syyt
Ekosysteemien ehtyminen johtuu usein niiden resurssien liikakäytöstä. Vaikka nämä toimet voivat palvella lyhyen aikavälin taloudellista tavoitetta, tällainen hyväksikäyttö voi todella johtaa välittömiin haitallisiin vaikutuksiin sosiaalihuoltoon keskipitkällä ja pitkällä aikavälillä. Trooppisten metsien tilan heikkenemisen, väestönkasvun, köyhyyden, ympäristölle haitallisten valtiontukien, ympäristölle kestämättömän vientipolitiikan, luonnon järjestelmien ekologian arvostamatta jättäminen ja sen seurauksena ekosysteemin tarjoamien ekologisten palvelujen arvostamatta jättäminen voi johtaa hajoaminen.
Esimerkkejä
Vuonna 2012 amerikkalaisten ja brasilialaisten tutkijoiden tutkimus, joka julkaistiin Conservation Letters -lehdessä, paljasti, että Amazonin makean veden elinympäristöt ovat alttiita ekologiselle pilaantumiselle. Joki-, järvi- ja kosteikkoekosysteemejä, jotka kattavat noin viidesosan Amazonin valuma-alueen pinta-alasta, kehitetään asteittain metsien hävittäminen, epäpuhtaudet, patojen ja vesiväylien rakentaminen sekä kasvien ja eläinten liiallinen korjuu lajeja. Chesapeaken lahden alueella laaja maatalous, kaupungistuminen ja nopeasti kasvava väestö ovat heikentäneet merkittävästi jokien, sivujokien ja itse lahden veden laatua.
Suorat vaikutukset ihmisten terveyteen
Maailman terveysjärjestön vuonna 2005 antaman raportin mukaan ekosysteemeillä voi olla ennalta arvaamattomia ja mahdollisesti huomattavia tulevia vaikutuksia terveyteen. Raportissa mainittiin, että monet ihmistaudit ovat alkaneet eläimistä ja että muutokset Eläinten elinympäristöissä Eläinpopulaatiot, jotka ovat tautivektorit tai säiliöt, voivat vaikuttaa ihmisten terveyteen joko positiivisesti tai negatiivisesti. Esimerkiksi Nipah-viruksen uskotaan tapahtuneen metsätalouden tulipalojen jälkeen Indonesia pakotti kantaja lepakot naapurimaiden Malesiaan, jossa virus hyökkäsi viljellyihin sioihin, ja sitten ihmiset. Metsän puhdistuma ja ilmaston aiheuttamat elinympäristön muutokset näyttävät vaikuttaneen myös tiettyihin tautia kantavien hyttysten, punkkien ja kääpiöiden populaatioihin.
Heikentynyt ekosysteemin palauttaminen
Tyypillinen kunnostustyö, Kalifornian ekosysteemin palautusohjelma, perustuu kuuteen pääperiaatteeseen: uhanalaisten, vaarassa olevien ja alkuperäisten bioottisten populaatioiden palauttaminen; kunnostaa ympäristösyklit; säilyttää tai lisätä korjattuja populaatioita; palauttaa ja suojella elinympäristöjä estää vieraiden invasiivisten lajien muodostuminen ja lieventää niiden vaikutuksia; parantamaan tai ylläpitämään sedimentin ja veden laatua. Society for Ecological Restorationin mukaan tyypillinen väärinkäsitys ekologisesta palauttamisesta on, että sen tarkoituksena on elvyttää menneisyyden olosuhteet. Sen sijaan palauttamisen tavoitteena tulisi olla palauttaa häiriintyneiden ekosysteemien evoluutioreitit.