Elämä on kukoistanut Costa Rican sademetsissä ja meriympäristöissä (yksi 20: sta kaikista kasvi- ja eläinlajeista saattaa löytyä Costa Rica), mutta kansainvälisessä luonnon ja luonnonvarojen suojeluliitossa on myös yli 100 lajia uhanalaisia lajeja lista. Metsäkato, elinympäristön muuttaminen ja saastuminen ovat syyllisiä monien lajien heikentymiseen.
Nisäkkäät
Costa Ricassa on yksi rikkaimmista lepakoiden populaatioista maailmassa, joka koostuu puolesta nisäkäspopulaatiosta. Luettelossa olevat lepakkalajit vaihtelevat suuresta saalistavasta spektrispelistä Hondurasin valkoiseen lepakoon, vain noin 37 - 47 mm pituiset, vaikka molemmat ovatkin pieniriskisiä. Kissaeläimiä, kuten pieni täplikäs kissa, Costa Rican puuma ja Keski-Amerikan jaguari, on ajettu heidän takaa elinympäristöjä ja puuvillan tamariinia, vaipan ulvontaa ja Geoffroyn hämähäkki-apina kädellisiä on vähentynyt huomattavasti. Muita uhanalaisia nisäkkäitä ovat jättiläinen muurahaiskarhu, Sambar-peura ja Bairdin tapiiri.
Linnut
Costa Ricassa asuu 894 lintulajia, enemmän kuin Yhdysvalloissa ja Kanadassa yhteensä. Näistä yli 600 on vakituisia asukkaita, mukaan lukien uhanalainen paljaskaulainen sateenvarjo, musta guan ja sinikulta tanager, mutta linnut, kuten cerulean warbler ja tyylikäs tiira, ovat muuttavia. Kookossaaren peippo asuu Kookossaarella 360 mailia Costa Rican rannikolta. Se on ainoa Darwinin peippo, joka ei ole täysin endeeminen Galápagosilla. Muita uhanalaisia lintuja ovat tutut lajit, kuten kotka (yksinäinen kotka), ara (iso ara), kolibri (mangrove-kolibri) ja papukaija (punarintaiset papukaija).
Matelijat ja sammakkoeläimet
Viisikarainen piikkihäntäinen iguana ja kapea-siltainen kilpikonnikilpikonna ovat muutamia uhanalaisista matelijoista, mutta on paljon muita uhanalaiset sammakkoeläimet, joista suurin osa on sammakoita tai salamantereita, joita tyypillisesti edustaa suuri sademetsän monimuotoisuus ympäristöissä. Lemur-lehti sammakko ja Starrettin treefrog on lueteltu kriittisesti uhanalaisina. Niin ovat El Empalme -mato-salamanteri ja kaksi rupikonnalajia: pico blanco -rupikonna ja ohitusmakko-rupikonna. Monte Verden kultaista rupikonnaa ei ole nähty vuodesta 1989 lähtien, ja sen katsotaan kuolleen sukupuuttoon.
Kalastaa
Suurin osa uhanalaisten lajien luettelossa olevista Costa Rican kaloista on joko lähellä uhanalaisia tai haavoittuvia. Näitä ovat oliivisäleikkö, Tyynenmeren merihevonen ja kruunuhai. Luettelossa on myös useita säteitä, kuten häränsilmäsähkösäde Tyynellämerellä ja cownose-säde Atlantilla.
Selkärangattomat
On olemassa useita uhanalaisia varjotyttöjä, hyönteisiä, jotka näyttävät samankaltaisilta kuin sudenkorennot. Näitä ovat mustatakaraiset, pitkänomaiset, chiriquita-, kaakao- ja reventatsonilajit. Monet muista uhanalaisista hyönteisistä ovat lohikäärmeitä, kuten limon, humped, catago, tulivuori, alajuela ja sarvipäinen laji. Kaksi makean veden rapuja ja useita merikoralleja sisälsi myös IUCN-luettelon.
Kasvit
Costa Ricassa on yli 9000 tunnettua kasvilajia. Uhanalaisiin kasveihin kuuluu palkokasvien perheen jäseniä, kuten abarema ja lancepod, joista jälkimmäinen on saanut nimensä lanssin kaltaisista hedelmistä. Eugenia-kukkaviljelykasveja on myös 24, yhdeksän aromaattikasvien quararibea ja kaksi virola-suvun lajia, joka liittyy läheisesti muskottipähkinään ja jolla on keltaiset kukat, joissa on pistävä haju. Muita suurimpia uhanalaisia sukuja ovat korallomarja, tuulettimen palmu cryosophila ja ikivihreä tai kuivakauden lehtipuu Cedrela. Costa Rican jatropha, manilkara-puu ja gavilán blanco -puu ovat erityisen uhanalaisia kasvilajeja.