Filippiinit ovat maa, jossa on runsaasti biologista monimuotoisuutta ja endemismiä, ja sillä on monia luonnonvaroja, jotka edistävät taloutta ja paikallisia yhteisöjä. Sen rantaviivat ja rannikkoalueiden elinympäristöt ovat erityisen tärkeitä, sillä kalastus, maatalous ja teollisuus ovat kaikki riippuvaisia maan vesiväylistä ja meriympäristöstä. Elinympäristöjen ja biologisen monimuotoisuuden vähenemiseen kohdistuvat uhat johtuvat erilaisista käytännöistä, mukaan lukien maaperän raivaaminen, kestämätön kalastus ja pilaantuminen.
Metsäsuojan menettäminen
Vuosina 2000–2005 Filippiinit menettivät hieman yli kaksi prosenttia metsätaloudestaan vuodessa. Tämä oli Kaakkois-Aasian toiseksi korkein osuus. Vuodesta 2005 katsottiin, että vain kolme prosenttia metsistä oli jäljellä. Nopea metsien hävittäminen aiheuttaa erilaisia uhkia ekosysteemille, mukaan lukien biologisen monimuotoisuuden väheneminen, maaperän eroosiot, tulvat, maanvyörymät ja heikentynyt veden laatu. Metsät ovat uhattuna kaupallisen kaivostoiminnan ja puunkorjuun vuoksi.
Koralliriuttojen hajoaminen
Filippiinit on meren rannan biologisen monimuotoisuuden maailmanlaajuinen keskus. Korallien ja elävien riutakalojen laiton kerääminen ja vienti on johtanut merkittäviin haitallisiin vaikutuksiin biologiseen monimuotoisuuteen, koralliriutan kuntoon, meriheinän peittoon ja kalojen määrään. Vain 5 prosenttia riutoista säilyttää yli 75 prosenttia elävää korallipeitettä. Tuhoavia kalastuskäytäntöjä ovat liikakalastus, troolikalastus, dynamiittikalastus ja syanidikalastus, jossa syanidi liuotetaan veteen ja ruiskutetaan riuttoihin, kun taas muut uhat johtuvat pilaantumisesta ja eroosiota.
Mangroveille kohdistuvat uhat
Mangroveleitä uhkaavat muun muassa liiallinen sadonkorjuu, saasteet ja maavara maataloudelle ja asutukselle. Katkarapujen viljely aiheuttaa alueelle melkein peruuttamattomia ja taloudellisesti kalliita vahinkoja, mikä on entistä huolestuttavampaa, koska katkaraputiloista tulee kannattamattomia vain kolmen tai viiden vuoden kuluttua. Mangrovemyrskyjen tuhoutuminen liittyy myös koralliriutan hajoamiseen, sillä riutat suojaavat mangrovealueita voimakkailta aaltoilta ja virtauksilta, jotka pesevät pois hienon sedimentin, jolla mangrovet kasvavat.
Biologisen monimuotoisuuden menetys
Filippiinit pidetään megabiodiverse-maana. Siinä on paljon ainutlaatuista kasvistoa ja eläimistöä; Itse asiassa lähes puolet maanpäällisistä selkärankaisista ja jopa 60 prosenttia verisuonikasveista ovat ainutlaatuisia maalle. Biologisen monimuotoisuuden häviämisen aste heijastuu joissakin järkyttävissä havainnoissa. Vuodesta 2006 lähtien yli 20 prosenttia selkärankaisten lajeista arvioitiin kansainvälisen luonnonsuojeluliiton uhkaamiksi. Noin 127 lintulajia pidetään uhanalaisina ja Filippiinien syntyperäinen kakadu, joka oli kerran levinnyt, on nyt kriittisesti uhanalainen.