Mikroskooppi on ollut käytössä jo kauan. 1500-luvulla keksitty tekniikka on ollut jatkuvassa parantumisprosessissa siitä lähtien. Kauan sen jälkeen, kun lasiputken yksinkertainen klassinen malli on ylitetty, mikroskooppia käytetään nykyään useissa yhteyksissä niin erilaisissa yrityksissä kuin auto- ja lääketeollisuus. Ihmissilmän luonnollisia rajoja lisätään jatkuvasti teollisuuden perustehtävien suorittamiseksi.
Monimutkaisten nykyaikaisten koneiden, kuten autojen, osista on tullut niin pieniä, että mikroskoopin käyttö on väistämätöntä. Erityisesti tehtävään suunnitellun mikroskoopin avulla insinöörit voivat arvioida pienimmätkin välineet virheiden ja murtumien varalta. Mikroskooppeja käytetään myös tällä tavoin tarkastamaan koneiden osia, kuten kelloja, sekä moottoreita, joita käytetään laivojen ja lentokoneiden voimaan.
Materiaalien suunnittelusta on tullut yhä monimutkaisempi, kun uusia materiaaleja kehitetään mahdollisimman monenlaisiin tehtäviin. Erityisesti suunnitelluilla materiaaleilla insinöörit ovat parantaneet kaikkea rakennusten rakentamisesta pakkausmateriaaleihin ihmisten käyttämiin vaatteisiin. Mikroskoopilla on ollut ratkaiseva merkitys tässä prosessissa, jonka ansiosta asiantuntijat voivat tarkastaa luomiensa materiaalien perustavat muodot. Mikroskoopin käytöstä tulee entistä tärkeämpää vain uusilla nanomateriaaleilla.
Mikroskoopit ovat aina olleet keskeinen väline lääketieteen ammatissa. Mikroskoopit mahdollistivat bakteeriteorian maailman muuttuvan löytämisen, mikä pelasti lukemattomia ihmishenkiä. Nykyään mikroskooppeja käytetään bakteerien ja mikrobien havaitsemiseen sekä uusien kemikaalien ja lääkkeiden kehittämiseen tautien torjunnassa. Uusien lääkkeiden kehittämistä helpotetaan suuritehoisten mikroskooppien avulla.