Kambodžassa on maailman kolmanneksi korkein metsien häviäminen, mikä johtuu puunkorjuusta ja maatalouden hakkuista. Metsäkadot tuhoavat elinympäristöt ja häiritsevät herkän trooppisen maaperän tasapainoa. Ilman puita, jotka pitävät maata paikallaan ja täydentävät orgaanista ainetta lehtihiekalla, maaperä kuluu nopeasti ja menettää suuren osan hedelmällisyydestään muutaman ensimmäisen viljelyvuoden aikana.
Kambodžan rannikkoekosysteemejä, joista monet ovat mangrovemetsää, jotka tarjoavat tärkeitä kutualueita kaloille ja suojaavat tulvilta, uhkaavat useat tekijät. Rannikkoekosysteemejä tukahduttaa äskettäin metsäalueilta irtoava sedimentti. Nämä vedet kuljettavat myös vaarallisia torjunta-aineita ja lannoitteita. Huonosti säännellyt katkaraputilat aiheuttavat mangrovealueiden puhdistamisen ja vapauttavat ylimääräiset ravinteet veteen, mikä johtaa levien lisääntymiseen ja ekosysteemin häiriöihin.
Kambodžan teollistumisen myötä ihmiset parveilevat kaupunkialueille, jotka kasvavat liian nopeasti sanitaatioinfrastruktuurin pysyäkseen yllä. Monilla alueilla ei ole viemärijärjestelmiä, tai ne ovat parhaimmillaan toimintahäiriöitä. Jätevedet ja teollisuuden jätevedet saastuttavat pohja- ja pintavettä monilla kaupunkialueilla. Vaarallinen kiinteä jäte löytää tiensä usein kaatopaikoille, joissa se voi huuhtoutua pohjaveteen tai tuulen puhaltaman.