Gaasigigandil ja päikesest kõige kaugemal asuval suurel planeedil on Neptuunil leitud väga aktiivsed ilmastikutingimused. Selle kaugus päikesest tähendab, et atmosfääritemperatuur võib olla päikesesüsteemi madalaim, kuni –218 kraadi Celsiuse järgi. Atmosfäär ümbritseb vedelat mantlit - vett, metaani ja ammoniaaki. Külma atmosfääriga segunemisest tekkiv mantli soojus ajab tuuled kõigi planeetide teadaolevatele suurimatele kiirustele.
Atmosfäär
Neptuuni atmosfääris on domineerivaks gaasiks vesinik, milles on vähem heeliumi, metaani ja muid süsivesinikke. Selle tugev raskusjõud võimaldab tal hoida kergeid gaase, mis pääsevad välja väiksematelt planeetidelt nagu Maa.
Temperatuurid
Kuna see on 2,8 miljardi miili kaugusel päikesest, umbes 30 korda kaugemal Maast, saab Neptuun vähe päikesevalgust. Keskmine pinnatemperatuur on umbes –200 kraadi Celsiust. Kuid sellel on sisemine soojusallikas, mis arvatakse olevat pärit planeedil sügaval asuvatest radioaktiivsetest mineraalidest. Neptuuni keskmes tõuseb temperatuur 7000 kraadini.
Tuul
Neptuunil on päikesesüsteemis suurim mõõdetud tuulekiirus - kuni 1200 miili tunnis. Arvatakse, et tuule ajab ülalnimetatud sisemise soojusallika suur temperatuurivahe ja ruumi külmus.
Aukud ja pilved
Suurepimedaks laikuks tuntud funktsiooni täheldati Neptuuni lõunapoolkeral sondiga Voyager 2. Esmalt arvati, et see on nagu Jupiteri Suur Punane laik - hiiglaslik stabiilne tormisüsteem. 1994. aastal aga Neptuuni koht kadus. Sarnane ilmus ka põhjapoolsetes piirkondades. Arvatakse, et see funktsioon pole nüüd torm, vaid auk metaanpilvedes. Valge pilvesüsteem, mida nägi ka Voyager 2, sai hüüdnime “Roller”. See tiirutas planeedi ümber iga 16 tunni tagant.
Aastaajad
Neptuuni 165-aastase orbiidiperioodi tõttu on selle aastaajad 40 aastat pikad. See on kallutatud oma teljele umbes sama palju kui Maa, nii et sissetulev päikesevalgus muutub aastaaegade jooksul tema erinevatel laiuskraadidel. Kui põhjapoolkera on kaldu päikese poole, koguneb kuumus ja eraldub metaanigaas kosmosesse. Sama juhtub lõunapooluse kohal päikeselisel aastaajal.
Termosfäär
Planeedi termosfääri, õhukese gaasikihi, mis on kõrgel atmosfääriga piirnevas atmosfääris, temperatuur on 380 kraadi. Neptuuni kaugusele jääv päikesevalgus ei ole atmosfääri nii suureks soojendamiseks piisav. On pakutud mõningaid teooriaid, näiteks päikese tuule liikumisel planeedi magnetväljale vabanev energia. Siiani pole teada, miks see piirkond nii kuum on.