Geelelektroforees on meetod, mida laborites kasutatakse eraldamiseks DNA (desoksüribonukleiinhape). Seda saab kasutada ka RNA ja valkude eraldamiseks.
Geelelektroforeesi tulemuste lugemine võimaldab teadlastel määrata proovis olevate kiudude suuruse. Protsessi toimimise mõistmiseks tuleb kõigepealt õppida geelelektroforeesi määratlust.
Geelelektroforeesi määratlus
Geelelektroforees on võimas tööriist, mida kasutatakse aastal molekulaarbioloogia DNA, RNA ja valkude suuruse ja elektrilaengu määramiseks. Alustuseks kasutatakse DNA tükke, mida ensüümid seedisid suuremast DNA ahelast.
Kasutades oma tulemustena geelelektroforeesi riba intensiivsust, saate välja selgitada fragmentide suuruse. Seejärel saab a DNA sõrmejälg.
Nagu selgub sõna „elektro” osast, a geelelektroforeesi määratlus tähendab elektrivälja kasutamist. Kasutatakse spetsiaalset masinat, mis sisaldab puhvrilahust, mis katab elektroodid, auku geeli seestpoolt suspendeerimiseks ja elektroodid ise.
Geel geelelektroforeesis
Geelelektroforees
nõuab geeli kasutamist, mis on moodustatud tavaliselt vetikatest saadud agari puhastatud versioonist, mida nimetatakse agaroosiks.Agaroosi geelid teha poorne maatriks, mille kaudu erineva suurusega laetud molekulid saavad liikuda erineva kiirusega. Enne vormi valamist lisatakse geelilahusele kemikaal nimega etiidiumbromiid (EtBr).
Kui teil on eraldamiseks väga väikesed DNA või valgu molekulid, peate võib-olla kasutama a polüakrüülamiidgeel agaroosi asemel. Polüakrüülamiidi kasutamisel pöörake tähelepanu, sest see on neurotoksiline.
Spetsiaalne kamm pannakse agaroosgeelivormi ja eemaldatakse seejärel pärast tahkumist ettevaatlikult. Siia pannakse DNA fragment või muud molekulaarsed proovid, mis on kõigepealt segatud spetsiaalse laadimisvärviga. The värvaine laadimine on lihtsalt jälgida DNA liikumist, kuna see pole muidu nähtav.
Seal on ka kaev, mis sisaldab seda, mida nimetatakse a DNA redel või marker. See toimib kõrgekvaliteedilise mallina, millel on teadaolevad riba suurused, et võrrelda neid uuritavate DNA proovidega. Kui elektriväli on rakendatud, liiguvad need negatiivselt laetud molekulid läbi geeli positiivse otsa poole.
Geelelektroforeesi tulemused
Kui molekulid on geeli lõpuni jõudnud, on lugemise aeg geelelektroforeesi tulemused. Geelis sisalduv EtBr värv seondub DNA-ga hõlpsasti, sellest ka selle kasutamine, ja siis näete UV-valguses fluorestseeruvaid DNA ribasid.
Etiidiumbromiidi puudutamisel peate olema väga ettevaatlik, kuna selle afiinsus DNA vastu tähendab ka seda, et see saab selle lahti keerata; seetõttu peetakse seda mutageeniks. Nüüd on saadaval uuemad, ohutumad värvained, kuigi nende hinnapunktid on kõrgemad.
UV-valgus näitab DNA või muude molekulaarsete proovide geeli elektroforeesi riba intensiivsust. Ribade asukoht geelil näitab nende suurust DNA fragment. The geelelektroforeesi riba intensiivsus paljastab molekuli kontsentratsiooni.
Nüüd saate võrrelda oma proovide DNA ribasid DNA redeli prooviga. Redeli teadaolevad riba suurused aitavad teil määrata uuritava DNA suhtelise suuruse.
Kvaliteetse geelelektroforeesi tähtsus
Geelelektroforeesi on kasutatud aastal DNA sõrmejälgede võtmine ja kohtuekspertiisid. See on aidanud teadlastel määrata teavet paljude liikide genoomide kohta. Kvaliteetse geelelektroforeesi tulemuste kasutamine on nende oluliste väljade jaoks hädavajalik.
Seetõttu on ülitähtis töötada kvaliteetsete koostisosadega ja olla geelide valmistamisel väga ettevaatlik. On hädavajalik vältida DNA proovide saastumist RNA või valkudega.
Kasutage kindlasti puhast puhvrit, valage geel ettevaatlikult, et selle kammikaevud moodustuksid ühtlaselt, ja hoidke kõiki reaktiive õigel temperatuuril. Geelelektroforees riba intensiivsus peaks olema elav ja puhas, taustal ei tohiks olla jälgi muust DNA-st ning geeli ei saasta RNA ega valkude määrdumisi.