Geelelektroforees on laborites kasutatav meetod DNA-ahelate mõõtmiseks ja sorteerimiseks. See on vajalik, kuna DNA on normaalsetes tingimustes manipuleerimiseks liiga väike, isegi kui seda vaadata enamiku mikroskoopide abil. Geelelektroforeesi laboris kasutatakse suhteliselt lihtsat protseduuri ja sama põhitehnikat saab kasutada ka üksikute valkude eraldamiseks.
Geelmaatriks
Geelelektroforeesi protseduuri alustamiseks peate kõigepealt geeli looma. Tavaliselt valmistatakse geelid õhukeste lehtedena, kasutades ainet nimega agaroos. Pulbriline agaroos pannakse kolbi, millele järgneb soolvee lahus, mida nimetatakse puhvriks. Seda agaroosi ja puhvri segu kuumutatakse, kuni kaks ainet kokku sulavad, seejärel valatakse vormivormi. Enne geeli jahtumist pannakse vormi ühte otsa seade, mida nimetatakse kammiks. Kui geel on jahtunud, eemaldatakse kamm, jättes väikesed pilud, mida kasutatakse DNA proovide hoidmiseks.
Jahutatud agaroosisegu (nn geelmaatriksiks) eripära tuleneb asjaolust, et see on loodud soolveega. Elektriseerimisel muutub maatriks juhtivaks, võimaldades elektril voolata kogu pikkuses. Geelmaatriksi teine eripära on korrapäraste mikroskoopiliste aukude olemasolu. Need augud võimaldavad DNA kiududel liikuda läbi geelmaatriksi ja hõlbustavad sorteerimisprotsessi.
Elektroforeesikamber
Teie järgmine samm on elektroforeesikambri loomine. See on väike ristkülikukujuline kast, mis on ühendatud juhtmetega, mille mõlemas otsas on positiivne ja negatiivne elektriühendus. Kambrid on tavaliselt madalad, piisavalt väikesed, et mahuksid lauaplaadile, ja on ehitatud läbipaistvatest materjalidest nagu pleksiklaas.
Soolvee lahus valatakse elektroforeesikambri põhja ja geelmaatriks sukeldatakse selle lahuse sisse veidi. Soolaveel on kaks eesmärki: aidata kaasa elektrivoolule ja hoida geelmaatriks niiskena. Kuna DNA-d käivitab negatiivne laeng, asetage oma maatriks nii, et teie proovid asuksid teie negatiivse elektriühenduse kõrval.
DNA ettevalmistamine
Seejärel valmistatakse DNA proovid. Kuna lahuses olevat DNA-d on peaaegu võimatu näha, lisatakse igale üksikule proovile värvainet, mida nimetatakse laadimispuhvriks. See aine paksendab ka DNA lahust, muutes selle vähem voolavaks ja paremini toimivaks. Pange pipeti abil DNA lahuse proov geellimaatriksi igasse vahelduvasse pilusse. Katse kontrollimiseks ja võrdlemiseks asetage iga proovi vahele tühja pilusse mõni DNA lahus, mille pikkus on teile juba teada (nn DNA standard).
Lülitage toide sisse
Nüüd lülitage sisse oma elektroforeesikamber. Negatiivse jõu all surutakse teie DNA proovid kogu kambri ulatuses. Väikesed DNA-ahelad liiguvad geelmaatriksi kaudu kiiremini ja lühikese aja jooksul eraldavad nad end pikematest, aeglasematest kiududest. Värvaine sisaldav värv võimaldab teil jälgida DNA jälgi. Te ei näe DNA üksikuid ahelaid, kuid ühepikkused ahelad koonduvad kokku.
Viimased sammud
Kui DNA on välja sorteeritud, eemaldatakse maatriks elektroforeesikambrist. Seejärel värvitakse DNA, et oleks hõlpsam mõõta ja uurida.