Kaheahelalise DNA struktuur on kõigis elusrakkudes universaalne, kuid loomse ja taime rakkudest genoomse DNA eraldamise meetodites esineb erinevusi. Kuigi genoomne DNA elab rakutuumas, sõltub ekstraheeritud DNA kogus ja puhtus raku tüübist ja suurusest. Näiteks sisaldavad teatud rakud rohkem DNA-d ja lisandeid kui teised. Lugege edasi, et saada lisateavet DNA ekstraheerimise erinevuste kohta.
DNA üldine ekstraheerimine
Kui ravite taime- ja loomarakke seebise ainega, lagundab see raku ja tuumamembraanide lipiide. Seejärel eraldub DNA segu rakumembraanidest ja valkudest. Järgmisena võite lahuses oleva DNA sadestamiseks kasutada alkoholi. Sõltuvalt proovis olevast kogusest võib DNA olla nähtav palja silmaga. Kuid pidage meeles, et see lihtne protseduur ei pruugi tingimata toota kõrge puhtusega DNA-d.
Taime- ja loomarakud
Taimerakud erinevad loomarakkudest jäiga rakuseina ja organellide tõttu nagu kloroplast. Need sisaldavad ka valke ja ensüüme, millel on oma osa fotosünteesis. Mõnel taimerakul on polüploidia, see tähendab, et neil on igas kromosoomis rohkem kui üks koopia raku kohta. Lisaks tekitavad taimedes toimuvad rakuprotsessid, näiteks fotosüntees, rea sekundaarseid metaboliite. Loomarakkudel puudub rakusein, kuid need vajavad siiski rakumembraani rikkumiseks genoomse DNA vabastamiseks kemikaale nagu naatriumdodetsüülsulfaat (SDS).
Taime DNA ekstraheerimine
Taime genoomset DNA-d on taime rakuseina tõttu raskem eraldada. Selle saate eemaldada homogeniseerimise teel või lisades tsellulaasi, et lagundada rakuseina moodustav tselluloos. Lisaks võivad taimerakus olevad metaboliidid segada DNA genoomset ekstraheerimist, saastades DNA proovi sadestamise käigus.
Loomade DNA ekstraheerimine
Perifeerse vere leukotsüüdid on loomade genoomse DNA peamine allikas, kuid proovide kogumine on keeruline, kuna veri peab tulema otse loomalt. Veri sisaldab mitmesuguseid ühendeid nagu valgud, lipiidid, valged verelibled, punased verelibled, trombotsüüdid ja plasma, mis võivad DNA proovi saastata. Vereproovidest eraldatud loomse DNA peamine saasteaine on aga hem, mis on hemoglobiini mittevalguline komponent.
DNA erinevused
Taime ja looma DNA erinevused seisnevad spiraali aluste järjestuses. Taimerakkudes leiduvad ühendid loomarakkudes puuduvad ja DNA alusjärjestused peegeldavad seda. Samuti on genoomse taime DNA sageli suurem kui loomne. Need erinevused mõjutavad ka ekstraheerimismeetodeid, saagist ja DNA puhtust.