Geelelektroforeesi korral eraldatakse DNA või valkude proovid - tavaliselt suuruse põhjal - elektrivälja rakendamise kaudu, mis põhjustab nende geeli kaudu migreerumise. Geelelektroforeesi kasutamine on biomeditsiinilistes uurimislaborites tavapärane ja seda kasutatakse paljudele erinevatele küsimustele vastamiseks, seega pole tulemuste analüüsimiseks tegelikult universaalset viisi.
Erinevad tehnikad, näiteks Western blotting, Northern blotting ja Southern blotting, hõlmavad kõik geelelektroforees.
Kui teed agaroosgeel DNA-proovide elektroforees, kõige tavalisem protseduur, peate tavaliselt tegema vähemalt kahte asja: 1) eristama lõikamata insertidest, hambatud plasmiididest ja lõigatud plasmiididest koosnevad plasmiidid ning 2) hindavad erinevate DNA fragmentide suurust standardkõvera Exceli või kalkulaator.
Kontrollige oma laborimärkmikku, et teha kindlaks, millised proovid millistele radadele laaditi. Kui laadite süvendid oma geeli jaoks, peaksite märkima iga raja / proovi identiteedi.
Mõõda joonlaua abil oma pildil olev kaugus kaevudest jälgimisvärvini, mis seda teeb on rännanud kaugemale kui ükski DNA riba (teisisõnu, see asub geel). Pange see number üles - kasutatavad ühikud pole olulised.
Mõõtke oma pildil olev kaugus kaevudest iga "redeli" ribani ja jagage see vahemaa läbitud kaugusega jälgimisvärv bänd. See arvutus annab teile iga riba suhtelise liikuvuse.
Näide: Oletame, et jälgimisvärvi riba läbis 6 tolli ja meil on kolm riba, mis läbisid 5, 4,5 ja 3,5 tolli.
Milline on nende suhteline liikuvus? Vastus: jagame 5, 4,5 ja 3,5 6-ga, et saada suhteline liikuvus 0,833, 0,75 ja 0,5833.
Tootja annab teile tarnitavate redelite iga fragmendi suuruse, nii et teil peaks see teave juba olemas olema.
Andmetele võrrandi sobitamiseks kasutage arvutustabeli funktsiooni Trendline. See võrrand peaks olema võimsusvõrrand (nt x ^ -2) ja peaks suhteliselt hästi sobima andmetega (R-koefitsient vähemalt 0,9). See loob kõvera ja standardkõvera Excel.
Pidage meeles, et väiksemad DNA fragmendid liiguvad geelist kaugemale kui suured DNA fragmendid, nii et jälgimisvärvile lähimad on kõige väiksemad. Pange siiski tähele, et kui plasmiid (ümmargune) DNA on lõikamata, see muutub "ülikeeratuks" või keerdub nagu telefonijuhe, mis tegelikult põhjustab selle liikumise kaugemale kui sama suurusega lineaarne DNA.
Samamoodi liigub "hüüdnimega" mittetäielikult lõigatud plasmiid a lühem kaugus kui sama suurusega lineaarne DNA. Järelikult ei saa te oma geeli põhjal hinnata lõikamata plasmiidide suurust.
Sobitage igas sõidureas olevad ribad selle reale laaditud valimi identiteediga ja tehke kindlaks, kas see, mida näete, on see, mida oleksite oodanud. See sõltub teie katse laadist.
Üldiselt, kui te digereerite kahe restriktsiooniensüümiga inserdi plasmiidi, siis eeldaksite, et insert vabastatakse plasmiidist.
Kuna see on plasmiidist palju väiksem, võiksite selles reas näha kahte riba, üks ülaosa ja teine allapoole põhja lähedal. Ainult ühe restriktsiooniensüümiga lõigatud plasmiid peaks moodustama ainult ühe riba, mis liigub veidi kaugemal kui kahe lõigatud plasmiid restriktsiooniensüümid, kuid mitte kaugeltki nii kaugele kui sisestusosa.
Mõõtke kaugus süvenditest lõigatud plasmiidini ja sisestage joonlauaga ribad. Jagage need arvud jälgimisvärvi läbitud vahemaaga, et leida sisestuste ja lõigatud plasmiidide suhteline liikuvus.