Bakterid on väikesed üherakulised organismid, mis on inimesele nii kasulikud kui ka kahjulikud. Mõni bakterivorm aitab meil elada, näiteks see, mis aitab soolestikus toitu lagundada. Muud vormid, näiteks bakteriaalne katku põhjustav bakter, võivad inimese ravimata jätta. Baktereid on palju erinevaid ja nad hingavad erinevate meetoditega. Bakteriaalse hingamise kaks peamist meetodit on aeroobne ja anaeroobne hingamine.
Aeroobselt hingavad bakterivormid vajavad elamiseks hapnikku. Nad kasutavad hapnikku kütusena, et aidata energiat põletada ja varustada neid eluks vajaliku energiaga. Seda tüüpi bakteriaalne hingamine on sama, mida inimesed kasutavad, sellest ka mõiste "aeroobne treening". Bakterite aeroobse hingamise peamine kõrvalprodukt on süsinikdioksiid.
Paljud bakteritüübid hingavad anaeroobselt. Teisisõnu võivad nad läbida hingamisprotsessi ilma hapnikuta. Selle asemel, et kasutada hapnikku toidus oleva energia põletamiseks, kasutavad seda tüüpi bakterid muid looduslikult esinevaid kemikaale keemiliste reaktsioonide tekitamiseks ja vajaliku energia vabastamiseks. Kasutatavate looduslike kemikaalide hulka kuuluvad nitraadid, sulfaadid ja süsinikdioksiid. Anaeroobne hingamine bakterites loob üldiselt palju kõrvalsaadusi. Paljud neist kõrvalproduktidest võivad olla inimestele mürgised või ohtlikud ning hõlmata etanooli ja vesinikku.