Geelelektroforees on tehnika, mis võimaldab DNA-d analüüsida selle moodustavate molekulide tasemel. Selle DNA visualiseerimise meetodi korral asetatakse proovid agaroosgeeli söötmele ja geelile kantakse elektriväli. See põhjustab DNA fragmentide migratsiooni läbi geeli erineva kiirusega vastavalt nende elektrokeemilistele omadustele.
Etiidiumbromiid
Selle visualiseerimise tehnika jaoks segatakse etiidiumbromiid agaroosipulbri, EDTA puhvri ja veega, moodustades enne elektroforeesi geelmaatriksi. Selle tulemusel hajuvad etiidiumbromiidi molekulid ühtlaselt kogu maatriksis. Kui geeli süvendid on täidetud nende vastavate DNA proovide ja jälgimisvärvidega, rakendatakse pinget suurte polaarsete ühendite maatriksi aeglaseks tõmbamiseks.
Selle liikumise ajal seonduvad DNA molekulide alused tänu etiidiumbromiidi laengule ajutiselt osakestega, lohistades neid mööda. Selleks ajaks, kui geelelektroforees on lõppenud, on kõik DNA molekulid kogunud märkimisväärses koguses etiidiumbromiidi.
Ultraviolettvalguse käes näitab etiidiumbromiid fluorestsentsi. Tehnikud paistavad geeli peal spetsiaalselt kalibreeritud UV-valgust, samal ajal kui masin jäädvustab hõõguvate fragmentide pilti.
Metüleensinine
Kui UV-valgustit pole saadaval või see on praktiline, saavad tehnikud DNA normaalsetes tingimustes nähtavaks muuta leotades valmis agaroosgeeli, mille sees on elektroforeeritud DNA, metüleensinise lahuses üleöö.
Märkimisväärselt hüdrofoobse aniooniga kloriidsool, metüleensinised molekulid, tungivad läbi kogu geelimaatriksi. Vesiniksidemed kogu DNA-s põhjustavad aga plekimolekulide akumuleerumist. See suurenenud DNA plekitihedus annab sügavama sinise tooni, mis on palja silmaga nähtav.
Värvainete jälgimine
Lisaks DNA ribade suhtelisele suurusele saavad tehnikud mõõta iga fragmendi absoluutsuurust (aluspaarides), kasutades kemikaale, mida nimetatakse jälgimisvärvideks. Nähtav ilma metüleensinise või etiidiumbromiidi lisamiseta liiguvad jälgimisvärvid nagu bromofenoolsinine ja ksüleensüanool. aragoosigeeli maatriksid elektroforeesi ajal sama kiirusega kui 300 fragmendist koosnevad DNA fragmendid, mis koosnevad 300 nukleotiidist ja 4000 nukleotiidist, vastavalt. Elektroforeesil liiguvad massilisemad DNA fragmendid üle geellimaatriksi aeglasema kiirusega kui väiksemad fragmendid. Seega, kui jälgimisvärvid ei mõjuta otseselt DNA fragmentide nähtavust, võrreldakse DNA fragmentide positsiooni geelis nende värvainete asendisse, võimaldavad tehnikutel "näha" DNA fragmendi ligikaudset nukleotiidide arvu sisaldab.