Fülogeneetiline puu on graafiline kujutis evolutsioonilistest suhetest, mis näitab, kuidas organismid võisid ühisest esivanemast lahku lüüa. Kui varem tehti seda elusorganismide ja fossiilide anatoomia ja füsioloogia võrdlemise teel, siis nüüd kasutatakse tavaliselt DNA nukleotiidjärjestustest saadud geneetilist teavet. Vähese sarnasusega organisme võib leida fülogeneetilise puu eraldiseisvatest "okstest" ja spetsiifiliste ühisjoonedega organismid asuksid sama haru "okstel". Fülogeneetiline puu on meetod liikide ja evolutsiooniliste muutuste mõistmiseks organismides.
Valige suhete võrdlemiseks mudelorganism. Seda saab teha organismi esindava liigi, tõu või nukleotiidjärjestusega. Näitorganismiks võib olla lehm. Ülejäänud puu näitaks, kui lähedane on lehm geneetiliste tunnuste põhjal teiste organismidega.
Valige välirühm. Välirühm on vähem lähedases suguluses olev organism või oluliselt erinev nukleotiidjärjestus. Kui näidisorganismiks on lehm, oleks võimalikuks algrupiks kala. Mida rohkem on kahte organismi, seda kaugemal on fülogeneetilisel puul nende hargnemispunkt. Aega tähistatakse diagrammi allosas vanima kuupäevaga ja diagrammi ülaosas olev päev. Oksade paigutus näitab umbes siis, kui varem muutis evolutsiooniline tunnus esivanemate organismi erinevateks liikideks.
Määrake võrdluseks kasutatavate omaduste kogum. Näidete hulka kuuluvad "on neli jalga", "närivad nunnu", "sünnitab elusalt" või "kasvatab juukseid". Nukleotiidjärjestused on lihtsalt DNA tähestikulised esitused, mis määravad omadused, nii et teine võimalus oleks: "sisaldab järjestust ATGGACACGGA. "
Jagage organismid omaduste põhjal. Kui üks organism ei sisalda soovitud tunnust, tehakse fülogeneetilisse puusse oks. Iseloomuliku „nelja jalaga” jaoks oleksid lehmad, lambad ja hirved kõik ühel oksal, kalad aga eraldi oksal. Kleebi lehma pilt või järjestus plakatilaua ülemisse nurka ja kala vastassuunas ning tõmmake neist ristuvad V-kujulised jooned paberi aluspinnani.
Jätkake mudelorganismide või nukleotiidjärjestuste eraldamist seni, kuni igas näites on oksast üksik eraldus oksaks. Tunnus „on vill” eraldaks lambad hirvedest ja lehmadest ainsale oksale. Asetage lambapilt kalade pildi lähedale ja tõmmake joon, mis ühendub V-kujuliselt lehma oksaga. Iseloomu „saba on kohev” abil piiritletaks lehm hirvedest. Kleepige hirve pilt lehma ja lammaste vahele ning tõmmake veel üks joon V-kujuliseks, mis ristub kala- ja lambajoonte kohal. Kui igal liigil on üks haru, on fülogeneetiline puu valmis.