Alleel on võimalik geeni kodeeriv järjestus. Levinud väärarusaam või puudulik terminoloogia on see, et spetsiifiliste tunnuste jaoks on olemas geenid. Geenid kontrollivad küll organismi erinevaid tunnuseid, nagu juuste värv või silmavärv, kuid tunnuse tegelik avaldumine sõltub sellest, milline alleel on domineeriv. Näiteks inimeste silmavärvi geenil võib olla alleel pruunide silmade jaoks ja alleel siniste silmade jaoks või alleel pruunide silmade jaoks ja üks roheliste silmade jaoks. Inimestel, nagu ka teistel eluvormidel, millel on igast kromosoomist kaks koopiat, on alleelide säilitamiseks ka kaks koopiat igast geenist.
Geeni kaks koopiat, üks kummaski kromosoomis, sisaldavad kumbki alleeli. Homosügootsus tekib siis, kui need kaks geenikoopiat sisaldavad teatud fenotüübi või ekspresseeritud tunnuse jaoks sama alleeli. Heterosügootsus tekib siis, kui kaks alleeli on erinevad. Fenotüübid võivad olla domineerivad või retsessiivsed. Kui fenotüüp on domineeriv, peab selle leidmiseks olema ainult üks alleelidest. Kui see on retsessiivne, peavad mõlemad alleelid kohal olema.
Utahi osariigi haridusameti teatel saab tõenäosuse ennustamiseks kasutada Punnetti ruutu et konkreetne genotüüp tekib järglastel, võttes kahe vanema alleelid ja kombineerides neid. Genotüüp mõjutab fenotüüpi sõltuvalt sellest, kas alleelid on domineerivad või retsessiivsed. Põhiline Punnetti ruut on jagatud neljaks väiksemaks ruuduks. Ühe vanema võimalikud geenid on loetletud kahe ülemise ruudu kohal, teine kõrval selle vasakul küljel vertikaalselt. Suurtähed tähistavad domineerivaid alleele ja väiketähed retsessiivseid alleele. Näiteks homosügootne domineeriv geen pruunide silmade jaoks oleks kirjutatud kui BB ja heterosügootne Gb. Homosügootne retsessiivne geen kirjutataks kui bb. Võttes iga ruudu kõrval olevad tähed, oleks Bb x Bb risti korral BB genotüübi tõenäosus 25 protsenti, Bb 50 protsenti ja bb 25 protsenti. Fenotüübi osas on järglastel 75-protsendiline tõenäosus saada pruunid silmad, kuna pruunid silmad on domineeriv fenotüüp, kirjutab sciencekidsathome.com.