1800. aastatel ennustas Gregor Mendel, kuidas geenid töötasid füüsiliste tunnuste edasiandmiseks järglastele, ja arvutas välja teatud omaduste pärimise tõenäosuse. Kuigi teadlased avastasid geenide olemasolu alles hiljem, osutusid Mendeli aluspõhimõtted õigeks. Reginald Punnett töötas välja Punnetti ruudu graafilise meetodina pärimise tõenäosuse arvutamiseks Mendeli põhimõtete põhjal. Punnetti ruuduga arvutamiseks ei pea mõistma statistikat ja tõenäosust; looge lihtsalt ruut ja jälgige tulemusi, et määrata tõenäosus, et järglane pärib teatud tunnuse.
Kirjutage ruudu kohale ühe vanema genotüüp, kasutades domineeriva alleeli jaoks suurtähte ja retsessiivse alleeli jaoks väiketähte. Kirjutage üks alleel vasaku kasti kohale ja teine alleel parema kasti kohale. Mõelgem Punnetti ruudu silmavärvile, kus pruunid silmad on domineerivad ja sinised silmad on retsessiivsed. Kui vanemal on ühe domineeriva ja ühe retsessiivse alleeliga genotüüp, kirjutage domineeriva alleeli jaoks ühe lahtri kohale "B" ja teise retsessiivse alleeli jaoks "b".
Kirjutage ruudust vasakule teise vanema genotüüp. Pange üks alleel ülemisest kastist vasakule ja teine alleel alumisest kastist vasakule. Kui genotüübil on näiteks kaks retsessiivset alleeli, kirjutage iga kasti juurde "b".
Täitke kõik lahtrid ülalt ja vasakule kirjutatud alleelidega. Kui vasaku ülemise kasti ülaservas on "B" ja vasakul näiteks "b", kirjutage kasti "Bb". Kui üleval parempoolsel kastil on "b" ülal ja "b" vasakul, kirjutage kasti "bb". Tehke sama kahe alumise kasti puhul.
Loendage vähemalt ühte domineerivat alleeli sisaldavate kastide arv. Ühe vanema genotüübiga Bb ja ühe vanema genotüübiga bb korral sisaldavad lahtrid Bb, bb, Bb ja bb. Sellel juhul on kahel kastil domineeriv alleel.
Jagage domineeriva alleeliga kastide arv neljaga ja korrutage tulemus 100-ga, et saada protsentide tõenäosus, et järeltulijatel on domineeriv omadus. Näiteks (2/4) * 100 = 50, seega on 50% tõenäosus, et järeltulijal on pruunid silmad.
Lahutades domineeriva tunnuse protsendivõimaluse 100-st, et saada protsentide tõenäosus, et järeltulija näitab retsessiivset omadust. Näiteks 100 - 50 = 50, seega on tõenäosus, et järeltulijal on sinised silmad, 50 protsenti.