HPLC (kõrgefektiivne vedelikkromatograafia) ja GC (gaasikromatograafia) on mõlemad meetodid teadlased - kasutada proovide analüüsimiseks, et teha kindlaks, mida proov sisaldab või molekulide kontsentratsioon proov. Mõlemad kasutavad sama põhimõtet, et raskemad molekulid elueeruvad ehk voolavad aeglasemalt kui kergemad (polaarsus mängib rolli ka elueerimise ajal). Kuigi idee on sama, on GC-l ja HPLC-l mitmeid erinevusi.
Mobiilne faas
Kromatograafiaseadmete liikuv faas on aine, mis liigutab proovi läbi masina. HPLC korral on liikuv faas vedelik, mis koosneb orgaanilisest lahustist, ülipuhast veest ja muudest koostisosadest, et tagada selle ühilduvus prooviga. GC kasutab oma liikuva faasi jaoks gaasi. Kasutatavate gaaside hulka kuulub heelium, lämmastik, argoon või vesinik, sõltuvalt analüüsitavast.
Veerud
Kui proovid liiguvad üle kromatograafiakolonnide, mõjutavad proov ja liikuv faas kolonni sisu, põhjustades proovi komponentide eri eluea. HPLC kolonnid on tavaliselt nelja kuni kuue tolli pikkused metallist või klaasist torud, tihedalt ränidioksiidiga või erineva süsinikuahela pikkusega. GC-süsteemidel on sõltuvalt labori vajadustest spiraalsed kapillaarkolonnid, mille siseseinad on kaetud erinevate materjalidega. Väljaveninud GC sambad võivad ulatuda 100 jala pikkuseks.
Proovid
GC-d kasutatakse lenduvate ühendite jaoks (need, mis lagunevad kiiresti), samas kui HPLC on parem vähem lenduvate proovide jaoks. Kui proov sisaldab sooli või sisaldab laengut, tuleb seda analüüsida HPLC, mitte GC abil.
Temperatuuri reguleerimine
GC kolonnid hoitakse masinas ahjus. Proovide analüüsimise ajal muudab arvuti temperatuuri. Mida kõrgem temperatuur, seda kiiremini proov elueerub, kuid liiga kõrge temperatuur annab halbu tulemusi. HPLC kolonne hoitakse pidevalt stabiilsel temperatuuril (kõige sagedamini toatemperatuuril).