Lyse on sõna, mis pärineb kreeka keelest ja tähendab lihtsalt "lõhenemist" või "lõhkemist". käsitleb seda, mis juhtub rakkudega lüüsipuhvris - lahuses, mis lõhub need rakkude eraldamiseks sisu. Teadlased kasutavad analüüsimiseks rakkudest DNA või valkude ekstraheerimisel lüüsipuhvreid, eriti bakterite puhul. Rakulüüsi puhvri tüüp varieerub sõltuvalt katse liigist, ehkki järgmised on mõned levinumad valikud.
TL; DR (liiga pikk; Ei lugenud)
Lüüsipuhvrid aitavad avatud rakke murda, nii et nende sisule pääseb ligi või neid saab eemaldada. Mõnede näidete hulka kuuluvad soolad, detergendid, kelaativad ained ja inhibiitorid ning mõned leeliselised kemikaalid.
Puhver ja sool
Puhvrid stabiliseerivad pH-taset rakkude lõhenemise ajal. Tris-HCL on üks levinumaid kemikaale puhverdamiseks pH 8 juures. HEPES on nendes katsetes veel üks levinud puhverkemikaal. Naatriumkloriidsool võib tõsta ka iooni tugevust, soluutide kogu kontsentratsiooni väljaspool rakke. See viimane punkt omab teatavat tähtsust, kuna vesi võib difundeeruda rakumembraanides madala lahustunud aine kontsentratsiooniga piirkondadest kõrge soluudi kontsentratsiooniga piirkondadeks.
Pesuvahendite lahustamine
Pesuvahendid lahustavad rakumembraane, nii et raku sisu pääseb välja. Molekulaarstruktuur on ja amfipaatiline (st ühe otsaga molekulid, mis interakteeruvad hõlpsalt veemolekulidega, samas kui teine hüdrofoobne või "vett kartev" ots seda mitte). Nad suudavad rasvu lahustada, moodustades mitselle, väikesi klastreid, kus pesuvahendi molekulide hüdrofoobsed sabad on suunatud rasvamolekulide poole. Tavaliste detergentide hulka kuuluvad naatriumdodetsüülsulfaat või SDS, NP-40 ja tritonX.
Kelaativad ained ja inhibiitorid
Lüüsipuhvrid sisaldavad tavaliselt ka kelaativaid aineid nagu etüleendiamiintetraäädikhape (EDTA) või etüleenglükooltetraäädikhape (EGTA). Need kemikaalid seonduvad kahe positiivse laenguga (nt magneesium ja kaltsium) metalliioonidega, muutes need teiste reaktsioonide jaoks kättesaamatuks. Paljud DNA-id (valgud, mis närivad DNA-d) ja proteaasid (valgud, mis viilutavad teisi valke) vajavad magneesiumi ioone funktsiooni, nii et EDTA ja EGTA võtavad neilt selle võtmekomponendi ära võttes aitavad vähendada proteaasi või DNAse taset aktiivsus. Kuid nad ei välista seda täielikult ja mõned proteaasid ei sõltu magneesiumi kofaktoritest, seega lüüsipuhvrid mõnikord sisaldavad ka proteaasidega seonduvaid kemikaale, mis seonduvad proteaasidega ja takistavad nende toimimist korralikult.
Leeliseline lüüs
Leeliseline lüüs, plasmiidide bakteritest puhastamise väga levinud tehnika, hõlmab kolme lahust. Esimene sisaldab glükoosi, tris-HCL puhvrit, EDTA ja RNA-sid. Glükoos tekitab väljaspool baktereid kõrge lahustunud aine kontsentratsiooni, nii et need muutuvad veidi lõtvaks, mis muudab nende lüüsimise lihtsamaks. EDTA ja tris-HCL toimivad juba kirjeldatud viisil, samas kui RNAse närib kõik raku sees olevad RNA-d, et see teelt eemale saada. Teine lahus tegelikult rakud lüüsib. See sisaldab SDS-i detergenti ja NaOH, mis tõstab pH 12-ni või kõrgemale, denatureerides rakus olevad valgud ja põhjustades DNA eraldumise üksikuteks ahelateks. Kolmas lahus sisaldab kaaliumatsetaati, et taastada pH neutraalsemale tasemele, et plasmiidi DNA ahelad saaksid uuesti kokku tulla. Vahepeal kogunevad denatureeritud valgud kokku ja sadestuvad, samal ajal kui dodetsüülsulfaadi ioonid tulevad moodustavad koos kaaliumioonidega lahustumatu ühendi, mis sadestub ka lahusest.