Erinevalt järvedest ja tiikidest on jõed avatud süsteemid, kus toimub sageli veevahetus. Hoolimata sellest asjaolust vajavad jõgedest sõltuvad organismid teatud tasakaalu. Erinevad näitajad näitavad jõe kvaliteeti. Need mõõtmised hõlmavad lahustunud hapnikku, temperatuuri ja pH-d, mis mõõdab vesinikioonide kontsentratsiooni.
PH mõõtmise skaala on vahemikus 0 kuni 14, kui happeline keskkond on 7 või alla selle, ja üle 7 näit näitab leeliselist keskkonda.
Ajakirjas Nature avaldatud uuring seostas Norra jõgede ja järvede happesuse otseselt happevihmadega, mis hävitasid kohalikud lõhe- ja forellipopulatsioonid.
Madal pH tase põhjustab kalade tapmist, põhjustades loomsüsteemidele stressi ja füüsilist kahju, mis omakorda muudab nad haiguste suhtes haavatavamaks.
Muud välised tegurid, mis võivad põhjustada jõe pH kõikumisi, on põllumajanduslik äravool, happeline kaevandus drenaaž (AWD) ja fossiilkütuste heitkogused, näiteks süsinikdioksiid, mis tekitab jões lahustumisel nõrga happe vesi.
PH taseme testimine näitab proovi happelisust või leeliselisust. Jõed suudavad teatud määral ära hoida pH muutusi jõesängi struktuuri ja koostise järgi. PH järsud muutused võivad aga kahjustada jõgede tervist.