HPLC pakub proovis teatud keemiliste komponentide tuvastamiseks kiiret, automatiseeritud ja väga täpset meetodit, kuid see võib olla kulukas, keeruline ja ei toimi kõigi proovide puhul. Meditsiini-, kohtuekspertiisi-, keskkonna- ja tootmislaborid kasutavad tehnikat proovis sisalduvate kemikaalide kvantifitseerimiseks ja eraldamiseks. HPLC-l on teiste tehnikatega võrreldes nii eeliseid kui ka puudusi.
HPLC ja sarnased tehnikad
Nagu teisedki kromatograafia vormid, võimaldab HPLC eraldada keemilised koostisosad liikuva ja statsionaarse faasi abil. Liikuv faas on vedel ja statsionaarne faas on tahke. Kuna erinevad komponendid liiguvad erineva kiirusega, eralduvad nad üksteisest. Alternatiivsete tehnikate hulka kuulub kapillaarelektroforees, kus ained rändavad läbi elektrilahuste muud kromatograafilised meetodid, näiteks tahke faasi ekstraheerimine, gaasikromatograafia ja õhuke kiht kromatograafia.
Kiirus, tõhusus ja täpsus
Võrreldes teiste kromatograafiliste tehnikatega, näiteks TLC, on HPLC ülikiire ja tõhus. Ta kasutab vedelat lahustit läbi tahke adsorbendimaterjali, mitte gravitatsiooni, pumpa, kusjuures erinevad keemilised komponendid eralduvad erineva kiirusega liikumisel. Protsessi saab lõpule viia umbes 10–30 minutiga ja see tagab kõrge eraldusvõime. See on täpne ja hästi reprodutseeritav. Kuna see on suures osas automatiseeritud, saab HPLC põhijookse teha minimaalse treeninguga.
Maksumus ja keerukus
Vaatamata oma eelistele võib HPLC olla kulukas, nõudes suures koguses kalleid orgaanilisi aineid. Sellised tehnikad nagu tahke faasi ekstraheerimine ja kapillaarelektroforees võivad olla odavamad ja isegi kiiremad, eriti hea tootmistava kohaselt analüüsimiseks. Kuigi olemasolevaid HPLC-meetodeid on suhteliselt lihtne kasutada, võib probleemide tõrkeotsing või uute meetodite väljatöötamine olla keeruline. Selle põhjuseks on suuresti erinevate moodulite, veergude ja mobiilifaaside massiiv.
Tundlikkus ja eraldusvõime
Üldiselt on HPLC keemiliste komponentide kindlakstegemisel ja kvantifitseerimisel mitmekülgne ja ülitäpne. Paljude etappide korral sõltub HPLC täpsus suuresti automatiseeritud protsessist ja seetõttu ülimalt taasesitatavast. HPLC-l on teatud ühendite suhtes madal tundlikkus ja mõnda ei saa tuvastada, kuna need on pöördumatult adsorbeerunud. Lenduvad ained eraldatakse paremini gaasikromatograafiliselt.