Honduras on Kesk-Ameerika suuruselt teine riik, mis ulatub üle kannma Kariibi merest Vaikse ookeanini. Vaatamata agressiivsele metsaraiele hoiab Honduras endiselt metsasemat ala kui enamik teisi selle piirkonna riike. Maastikus domineerivad mitut tüüpi metsad, sealhulgas pilvemets, männimets, vihmamets ja mangroovid. Hondurase erinevates metsaökosüsteemides leidub rohkesti taime- ja loomaliike, sealhulgas mujalt piirkonnast kadunud liike. Selle piirkonna mitmekesisuse kaitsmiseks on Hondurase eluslooduse varjupaigast eraldatud rohkem kui üks.
Imetajad Hondurases
Hondurase metsadest leitakse üle 200 imetajaliigi. Hondurase loomade hulka kuulub mitu haruldast olendit. Nahkhiired (Chiroptera) moodustavad riigis ligi pooled imetajad, 98 teadaolevat liiki hõivavad kõiki metsaökosüsteeme. Ikooniline jaaguar (Panthera onca) on üks haruldasemaid liike kogu Kesk-Ameerikas. Kõige sagedamini mangroovipiirkondades on jaaguarid Hondurases ohustatud liigid. Kunagi Kariibi mere rannikul Hondurases levinud Lääne-India lamantette (Trichechus manatus) nähakse nüüd harva, välja arvatud kaugetes mangroovipiirkondades. Hondurase rahvusloom, valgesaba-hirv (Odocoileus virginianus), on riigi suurim hirveliik. Kõige sagedamini nähakse madalamal ja männimetsades valge-hirve kaitsealust liiki. Hondurases leidub ka mitmesuguseid ahve, sealhulgas valge peaga kaputsiin (Cebus capucinus), Mehhiko ämblikahv (Ateles geoffroyi vellerosus) ja kuldkattega ahv (Alouatta palliata) palliata).
Lindude rohkus
Hondurasel on erakordselt rikkalik linnuliikide mitmekesisus. Seal on 18 papagoi liiki, sealhulgas apelsiniga lõugatud papagoi (Brotogeris jugularis), suur roheline ara (Ara ambigua), Vaikse ookeani papagoi (Aratinga strenua) ja punase ara (Ara macao), mis on Hondurase rahvuslind. Suurest kõrgusest troopilistes metsades leitud must-kübarapääsuke (Notiochelidon pileata) on Hondurases levinud rändlind. Hasturase rannikumadalikel metsades on kastani-alalõugega tukaan (Ramphastos swainsonii) sage vaatepilt. Tuntud oma erksavärvilise näo ja liialdatud arve poolest, peetakse neid mõnikord lemmikloomadena hoolimata sellest, et nad on kaitstud liigid.
Troopilised puud
Igal metsaökosüsteemil on põhikiviliik, mis tähendab, et üks liik määratleb metsatüübi. Hondurases tähistavad must mangroov (Avicennia germinans) ja punane mangroov (Rhizopora mangle) puud mangroovi ökosüsteemi piire. Mahagonipuud (Swietenia macrophylla) segunevad kuival maal mõnikord mangrooviliikidega, mis näitab ranniku madalate männimetsade algust. Hondurase mänd (Pinus caribaea var. hondurensis) ja okotimänd (Pinus oocarpa) on ainsad kaks männiliiki riigis, kuigi nad domineerivad madalal metsas. Hondurase üks muljetavaldavamaid puid on ceiba (Ceiba pentandra). Mõnikord nimetatakse seda kapokiks, see on massiivne puu, mille kõrgus võib ulatuda 250 jala läbimõõduga tüvega.
Õistaimed
Hondurase taimestik on väga rikas. Teadlaste hinnangul on Hondurases üle 5000 taimeliigi. Õistaimi on rohkesti enamikus riigi piirkondades, kus nad pakuvad toitu putukate ja linnuliikide jaoks. Üks Hondurase viljakamaid taimeliike on salvei (Salvia). Virsiku salvei (Salvia dorisiana), Karwinski salvei (S. karwinskii) ja sinine viinapuu salvei (Salvia cacaliifolia) on kõik põõsad, mitmeaastased liigid, mis õitsevad Hondurase keskosas jahedates mägistes metsades. Kunagi põliselanike toiduallikas oli kollane lootos (Nelumbo lutea) üks väheseid mangroovimetsades leiduvaid õistaimi. Tuntud kollaste topsikujuliste lillede poolest, kasvatatakse seda veeaedades sageli ilutaimena.