Mereökosüsteem on tõsises stressis; paljudes piirkondades on elu säilitamiseks vajalikud tingimused kas ohus või puuduvad. Mereelupaikade hävitamine on eriti levinud rannikualadel, kus inimeste arv on suurenenud. Elupaikade kadumine, reostus, ülepüük, hävitavad kalapüügitavad ja Globaalne soojenemine õõnestavad kõik merekeskkonda.
Rannajooned
Elupaikade kadu, saaste, äravool ja suurenenud soolsus hävitavad korallrahusid, mererohtu ning muid lindude ja kalade elupaiku. Kuna rannikuäärsed märgalad täidetakse kasvava inimpopulatsiooni mahutamiseks, vähendab jõgede tammimine magevee voolu, aeglustab toitainete äravoolu ja pärsib kalade rännet. Vähem magevett tähendab märgalade ja suudmealade soolasuse suurenemist, mis kahjustab merre voolates rohtu, mis puhastab vett. Metsa raadamisest põhjustatud erosioon suunab setted jõgedesse, ojadesse ja lõpuks ookeani, blokeerides korallrahude ellujäämiseks vajaliku päikesevalguse.
Ülepüük
Kalandusbioloogid arvutavad maksimaalse jätkusuutliku saagikuse, et hinnata populatsioonist korjatavate kalade hulka, ohustamata selle pikaajalist elujõulisust. Aastatel 1974–1999 suurenes tursa maksimaalse jätkusuutliku saagikuse ületanud kalanduse osakaal kolmekordselt - 10 protsendilt 30 protsendile. Ookeanilahenduste keskuse andmetel on alates 1990. aastate algusest püütud saak kogu maailmas tootlik kalapüük, Okhotski meri, on kahanenud kaks ja pool korda tänu sellele ülepüük. Vaikses ookeanis ei halda enam kui pooled saareriigid oma korallrahusid säästlikult.
Merepõhi
Põhjatraalimiseks tuntud tava kasutades lohistavad kutselised kalalaevad suurte raskuste külge kinnitatud võrgud üle merepõhja. Sihtliikide hulka kuuluvad krevetid, tursk, merikeel ja lest, kuid kõik merepõhjas on püütud. Põhjatraalimine võib mereökosüsteemi jäädavalt kahjustada ja kaaspüük (mittesihtliigid nagu merikilpkonnad, merelinnud ja imetajad) visatakse lihtsalt üle parda. Bycatch võib moodustada 90% kogu saagist ning ohustatud kalad ja süvamere korallid tapetakse sageli.
Hapestumine
Kliima soojenedes neelab ookean rohkem süsinikdioksiidi, muutes selle happelisemaks. Suurenenud happesus pärsib mereorganismide võimet arendada kestasid ja see hõlmab ka väikseid planktoniks nimetatud loomi, kes moodustavad ookeani toiduvõrgu aluse. Mõned teadlased väidavad, et see põhjustab ka mõnel mereliigil vähem väävliühendeid, mis soodustavad pilve teket, mis jahutab Maad. Kliimamudelid ennustavad, et see põhjustab selle sajandi jooksul täiendavat soojenemist 0,5 kraadi Celsiuse järgi (0,28 kraadi Fahrenheiti kraadi).