Uus-Meremaa ökosüsteemid seisavad paljudele silmitsi vaid USA-st Colorado osariigist veidi väiksema suurusega keskkonnaprobleeme, sest riik on nii majanduslikult arenenud riik kui ka saar kogukond. Kuigi paljudel arenenud riikidel, nagu USA, on sarnased ökosüsteemi ohud, näiteks invasiivsed liigid ja tööstusreostus, Uus-Meremaa taolised saareriigid seisavad silmitsi ülemaailmse merepinna tõusu suurenenud ohtudega ning surve loodusvaradele, nagu ookean kalandus.
Invasiivsed liigid
Võõrliikide ja -taimede inimeste sissetoomine Uus-Meremaa ökosüsteemidesse on tõsiselt mõjutanud kohalike liikide tervist. Kiivi, lennuvõimetut lindu, kes on riigi rahvusloom, ähvardab väljasuremise oht 90 protsendiga Uus-Meremaa looduskaitseministeeriumi andmetel tapavad kõik uued tibud sissetungivate liikide, näiteks poegade poolt. Sellised invasiivsed taimed nagu roniv spargel mõjutavad ka Uus-Meremaa metsaökosüsteeme, levides üle alamaluse ja takistades kohalike taimede taastumist.
Tööstusreostus
Hinnanguliselt pool Uus-Meremaa järvedest on reostunud, enamik jõgesid ei vasta nende tervisekaitsenormidele ujumine, ja pool kõigist kohalikest kaladest on metsa ja linnu andmetel loetletud ohustatud liikidena organisatsioon. Nende veeteede ja nende ökosüsteemide tervist halvendab looduslike märgalade kuivendamine, mis toimivad mageveekogude filtritena. Metsa ja linnu organisatsiooni hinnangul on 90 protsenti Uus-Meremaa märgaladest raamistamiseks ja arendamiseks kuivendatud.
Kliimamuutus
Saaremaana ohustavad Uus-Meremaa ökosüsteeme ka inimeste põhjustatud ülemaailmne kliimamuutus. Uus-Meremaa keskkonnaministeerium eeldab, et prognoositav merepinna tõus viib selleni suurenenud rannikualade erosioon ja merevee suurem tungimine riimveesuudmetesse ähvardused. Sellised muutused ohustavad luite- ja kaldaäärseid kogukonna ökosüsteeme, mis võivad erosiooni tõttu kaduma minna, ja suudmealaseid ökosüsteeme, mis ei suuda taluda puhta merevee soolasust.
Elurikkuse vähendamine
Taimede ja loomade mitmekesisus ja tervis aitavad määratleda tugevat ökosüsteemi ning neid nimetatakse tavaliselt bioloogiliseks mitmekesisuseks. Uus-Meremaal on jahindus ja elupaikade hävitamine viinud selleni, mida keskkonnaministeerium peab "tõsiseks languseks". Ametnike hinnangul on 32 protsent Uus-Meremaa kohalikest maa- ja mageveelindudest on välja surnud ning loetakse veel 800 looma-, taime- ja seeneliiki ähvardas.