Märgalad on suured maa-alad, kus on palju vett või märga ala, näiteks sood ja sood. Need on keskkonna tervise seisukohalt äärmiselt olulised, kuna puhastavad vihma ja reovett enne selle sattumist suurematesse jõgedesse, järvedesse ja ookeanidesse. Nad pakuvad ka elusloodusele elupaiku.
Nagu kogu veega, on ka märgalal pH-d mõõdetud. PH on vee happesus ja märgaladel võib olla erinev happesuse tase, mida nendes elavad taimed ja loomad vajavad arenemiseks. Kui pH muutub, võib see neid taimi ja loomi tappa ning takistada märgalade toimimist. Märgalade vee pH-d võivad mõjutada kolm peamist tegurit.
Heitvesi
Heitvesi on peamine tegur, mis võib muuta märgalade pH-d. Heitvesi on igasugune vesi, mida inimasustus on muutnud. See võib hõlmata nii basseinivett, reovett kui ka tormivett. Heitvett saab puhastada kemikaalidega, et puhastada ohtlikke ühendeid, nagu olmejäätmete puhul, või puhastada, nagu tormijooksu äravoolu korral. Kemikaalide eemaldamine või lisamine sellesse vette, samuti vee enda olemasolev pH võib märgala pH-d oluliselt muuta. Näiteks peetakse suurtes linnades vett sageli "pehmeks" või happelisemaks kui maapiirkondades. Selle vee pH on väga madal ehk kõrge happetasemega, tõstes märgalade pH-d. Kui märgalal on taimi, mis ei talu happelist vett, võivad nad ära surra.
Mineraalid
Märgalasid ümbritsevas pinnases leiduvad mineraalid, näiteks sool, võivad mõjutada märgalade pH-d. Kui enamik märgalasid on kohanenud ümbritseva pinnase mineraalidega, siis inimese areng, kaevandamine, ehitus- ja tööstustegevus võib mulda lasta erinevaid mineraale, mida seal pole loomulikult. Sademed filtreerivad need mineraalid läbi, lahustades need ja kandes märgaladele. Olenevalt mineraalist võib märgala pH tõusta või langeda. Näiteks mineraal nagu diabaasikivim, mis on levinud karjäärides ja kaevandustes, võib märgala pH tõsta, kui see läheduses välja kaevatakse.
Happevihm
Erinevalt heitveest ja lahustunud mineraalidest, mis võivad põhjustada märgalade pH kõikumist, vähendab happevihm ainult pH-d või muudab märgalal oleva vee happelisemaks. Happevihma põhjustavad atmosfääris olevad ühendid, mis üksteisega reageerides moodustavad happeid, mis siis vihmana maa peale tagasi langevad. Mõned neist ühenditest hõlmavad väävlit ja lämmastikku.