La electroforesis en gel es una técnica que permite analizar el ADN a nivel de sus moléculas constituyentes. En este método de visualización de ADN, las muestras se colocan en un medio de gel de agarosa y se aplica un campo eléctrico al gel. Esto hace que los fragmentos de ADN migren a través del gel a diferentes velocidades de acuerdo con sus propiedades electroquímicas.
Bromuro de etidio
Para esta técnica de visualización, se mezcla bromuro de etidio con agarosa en polvo, tampón EDTA y agua para formar la matriz de gel antes de la electroforesis. Como resultado, las moléculas de bromuro de etidio se dispersan uniformemente por toda la matriz. Una vez que los pozos del gel se han llenado con sus respectivas muestras de ADN y tintes de seguimiento, se aplica voltaje para atraer lentamente los compuestos polares grandes a través de la matriz.
Durante este movimiento, las bases de las moléculas de ADN se unen temporalmente a las partículas gracias a la carga de bromuro de etidio, arrastrándolas. Para cuando se completa la electroforesis en gel, cada molécula de ADN ha recogido una cantidad significativa de bromuro de etidio.
En presencia de luz ultravioleta, el bromuro de etidio exhibe fluorescencia. Los técnicos iluminan el gel con una luz ultravioleta especialmente calibrada mientras una máquina captura la imagen de los fragmentos brillantes.
Azul de metileno
Si un transiluminador UV no está disponible o no es práctico, los técnicos pueden hacer que el ADN sea visible en condiciones normales. empapando el gel de agarosa terminado, con ADN electroforesizado en su interior, en una solución de azul de metileno durante la noche.
Una sal de cloruro con un anión significativamente hidrófobo, las moléculas de azul de metileno penetran en toda la matriz del gel. Sin embargo, el enlace de hidrógeno en todo el ADN hace que se acumulen las moléculas de tinción. Esta mayor densidad de tinción de ADN produce un tono más profundo de azul, visible a simple vista.
Tintes de seguimiento
Más allá del tamaño relativo de las bandas de ADN, los técnicos pueden medir el tamaño absoluto (en pares de bases) de cada fragmento utilizando productos químicos llamados tintes de rastreo. Visible sin la adición de azul de metileno o bromuro de etidio, los tintes de seguimiento como el azul de bromofenol y el xileno cianol se mueven a través del matrices de gel de aragosa durante la electroforesis a la misma velocidad que los fragmentos de ADN que constan de 300 nucleótidos y 4.000 nucleótidos, respectivamente. En la electroforesis, los fragmentos de ADN más masivos viajan a través de la matriz del gel a una velocidad más lenta que los fragmentos más pequeños. Por lo tanto, aunque los tintes de seguimiento no influyen directamente en la visibilidad de los fragmentos de ADN, comparar la posición de un fragmento de ADN en el gel a la posición de estos colorantes permiten a los técnicos "ver" el número aproximado de nucleótidos del fragmento de ADN contiene.