Las relaciones entre diferentes animales se establecen mediante taxonomía. La taxonomía es la clasificación de los seres vivos. Estas clasificaciones se desglosan de la siguiente manera desde el grupo más grande hasta una especie individual de animal: reino, filo, subfilo, clase, orden, familia, género, especie. Los animales que pertenecen a la misma especie están estrechamente relacionados y los animales del mismo reino están muy distantes. Por ejemplo, todos los animales son parte de un reino, Animalia, y todas las plantas están en el reino Plantea.
Todas las arañas y cangrejos están en el filo Arthopodia, al igual que todos los insectos. Los artrópodos se distinguen físicamente por el hecho de que todos tienen patas segmentadas, articuladas y tienen un exoesqueleto. Si bien tanto los cangrejos como las arañas están agrupados en el mismo filo, esto no significa que necesariamente estén estrechamente relacionados. Por ejemplo, todos los animales con columna están en el filo Cordata. Pero está claro que aunque los peces y los monos tienen espinas, son muy diferentes.
La división entre las arañas y la mayoría de los cangrejos ocurre a nivel de subfilo. Las arañas están en el subfilo Cheilcerata, mientras que la mayoría de los cangrejos están en el subfilo Mandibulata. La diferencia es en gran parte que los cangrejos tienen una mandíbula, un tipo de mandíbula, y las arañas tienen quelíceros, que son partes de la boca que aparecen antes de la boca. Los "colmillos" de las arañas son los quelíceros.
Los cangrejos herradura están en el mismo subfilo que las arañas, Cheilcerata. Esto hace que los cangrejos herradura estén más estrechamente relacionados con las arañas que incluso con otros cangrejos. Al igual que las arañas, los cangrejos herradura no tienen mandíbula y, en cambio, tienen quelíceros delante de las partes de la boca. Las arañas y los cangrejos herradura se dividen a nivel de clase. Las arañas pertenecen a la clase Arachnida, mientras que los cangrejos herradura pertenecen a la clase Merostomata.
Otra criatura parecida a un cangrejo solía existir y se clasifica también en el subfilo Cheilcerata. Estos se llaman "escorpiones marinos". Se extinguieron hace unos 250 millones de años. Estos "escorpiones" tenían un aguijón más grande en la parte posterior de la cola y crecían a más de 6 pies de largo. Esto los convierte posiblemente en el artrópodo más grande que jamás haya existido. Su inclusión en el subfilo Cheilcerata hace que estos antiguos escorpiones parecidos a cangrejos también estén más estrechamente relacionados con las arañas que con los cangrejos.