Τα βακτήρια είναι μικροί, μονοκύτταροι οργανισμοί που είναι τόσο ευεργετικοί όσο και επιβλαβείς για τον άνθρωπο. Μερικές μορφές βακτηρίων μας βοηθούν να ζήσουμε, όπως αυτές που βοηθούν στη διάσπαση της τροφής στο έντερο μας. Άλλες μορφές, όπως τα βακτήρια που προκαλούν τη Bubonic Plague, μπορούν να σκοτώσουν ένα άτομο εάν αφεθεί χωρίς θεραπεία. Υπάρχουν πολλοί διαφορετικοί τύποι βακτηρίων και αναπνέουν χρησιμοποιώντας διαφορετικές μεθόδους. Οι δύο βασικές μέθοδοι βακτηριακής αναπνοής είναι η αερόβια αναπνοή και η αναερόβια αναπνοή.
Οι αερόβια αναπνευστικές μορφές βακτηρίων απαιτούν οξυγόνο για να ζήσουν. Χρησιμοποιούν το οξυγόνο ως καύσιμο για να βοηθήσουν στην καύση ενέργειας και να τους παράσχουν την ενέργεια που απαιτείται για τη ζωή. Αυτός ο τύπος βακτηριακής αναπνοής είναι το ίδιο είδος που χρησιμοποιούν τα ανθρώπινα όντα, εξ ου και ο όρος «αερόβια άσκηση». Το κύριο υποπροϊόν της αερόβιας αναπνοής από βακτήρια είναι το διοξείδιο του άνθρακα.
Πολλοί τύποι βακτηρίων αναπνέουν αναερόβια. Με άλλα λόγια, μπορούν να περάσουν από τη διαδικασία αναπνοής χωρίς να υπάρχει οξυγόνο. Αντί να χρησιμοποιούν οξυγόνο για να τους βοηθήσουν να κάψουν την ενέργεια στα τρόφιμά τους, αυτοί οι τύποι βακτηρίων χρησιμοποιούν άλλες φυσικές χημικές ουσίες για να δημιουργήσουν χημικές αντιδράσεις και να απελευθερώσουν την ενέργεια που χρειάζονται. Οι κοινές χημικές ουσίες που χρησιμοποιούνται φυσικά περιλαμβάνουν νιτρικά, θειικά άλατα και διοξείδιο του άνθρακα. Η αναερόβια αναπνοή στα βακτήρια γενικά δημιουργεί πολλά υποπροϊόντα. Πολλά από αυτά τα υποπροϊόντα μπορεί να είναι τοξικά ή επικίνδυνα για τον άνθρωπο και περιλαμβάνουν αιθανόλη και υδρογόνο.