Η κλωνοποίηση είναι ένα καυτό ηθικό ζήτημα στην επιστημονική κοινότητα, αλλά τα βακτήρια κλωνοποιούνται συνεχώς. Σε μια διαδικασία που ονομάζεται δυαδική σχάση, ένα βακτήριο διπλασιάζει το μέγεθός του και το γενετικό υλικό, και στη συνέχεια χωρίζεται για να παράγει δύο πανομοιότυπα κύτταρα.
Σε σύγκριση με την ευκαρυωτική κυτταρική διαίρεση ή τη μίτωση, η δυαδική σχάση είναι μια σχετικά απλή διαδικασία. Πρώτον, το βακτήριο αντιγράφει το DNA του - γενετικό υλικό το οποίο, στα βακτήρια, είναι κυκλικό. Το DNA παρέχει όλες τις απαραίτητες πληροφορίες για τη δημιουργία πανομοιότυπου κελιού. Το DNA στη συνέχεια διαχωρίζεται στα αντίθετα άκρα του κυττάρου και οι πρωτεΐνες που είναι απαραίτητες για την κυτταρική διαίρεση συναρμολογούνται στο κέντρο του κυττάρου. Το βακτήριο διπλασιάζει συνήθως το ενδοκυτταρικό υγρό του, που ονομάζεται επίσης κυτταρόπλασμα. Οι πρωτεΐνες διασπώνουν το κύτταρο σε δύο και στα περισσότερα βακτήρια, δημιουργείται ένα νέο κυτταρικό τοίχωμα για την ολοκλήρωση της διαίρεσης.
Το πλεονέκτημα της δυαδικής σχάσης από την άποψη των βακτηρίων είναι ότι είναι γρήγορη και απλή. Από την άποψη του ελέγχου και της πρόληψης των ασθενειών, η δυαδική σχάση είναι πλεονεκτική επειδή απλοποιεί την παραγωγή φαρμάκων. Συνήθως απαιτείται μόνο ένα φάρμακο για τη θεραπεία μιας βακτηριακής λοίμωξης επειδή όλα τα βακτήρια είναι πανομοιότυπα και θα ανταποκριθούν με τον ίδιο τρόπο. Δυστυχώς, ωστόσο, ορισμένα βακτήρια αναπτύσσουν αντοχή στα φάρμακα μέσω μετάλλαξης που καθιστά τις λοιμώξεις πολύ πιο δύσκολο να αντιμετωπιστούν.