Ένα φυλογενετικό δέντρο είναι μια γραφική αναπαράσταση των εξελικτικών σχέσεων που δείχνει πώς οι οργανισμοί θα μπορούσαν ενδεχομένως να αποκλίνουν από έναν κοινό πρόγονο. Προηγουμένως, αυτό έγινε μέσω σύγκρισης της ανατομίας και της φυσιολογίας των ζωντανών οργανισμών και των απολιθωμάτων, αλλά τώρα χρησιμοποιούνται γενετικές πληροφορίες που λαμβάνονται από αλληλουχίες νουκλεοτιδίων DNA. Οργανισμοί με λίγες ομοιότητες μπορούν να βρεθούν στα ξεχωριστά «κλαδιά» ενός φυλογενετικού δέντρου και εκείνοι με συγκεκριμένες ομοιότητες θα βρίσκονται σε «κλαδιά» του ίδιου κλάδου. Ένα φυλογενετικό δέντρο είναι μια μέθοδος για την κατανόηση των ειδών και των εξελικτικών αλλαγών στους οργανισμούς.
Επιλέξτε ένα μοντέλο οργανισμού για σύγκριση σχέσεων. Αυτό μπορεί να γίνει με ένα είδος, φυλή ή νουκλεοτιδική αλληλουχία που αντιπροσωπεύει έναν οργανισμό. Ένα παράδειγμα οργανισμού θα μπορούσε να είναι αγελάδα. Το υπόλοιπο δέντρο θα έδειχνε πόσο στενά σχετίζεται η αγελάδα με άλλους οργανισμούς με βάση γενετικά χαρακτηριστικά.
Επιλέξτε μια ομάδα. Ένα outgroup είναι ένας λιγότερο στενά συνδεδεμένος οργανισμός ή μια πολύ διαφορετική αλληλουχία νουκλεοτιδίων. Εάν το μοντέλο οργανισμού είναι αγελάδα, τότε μια πιθανή ομάδα θα ήταν ένα ψάρι. Όσο πιο διαφορετικοί είναι οι δύο οργανισμοί, τόσο πιο μακριά στο φυλογενετικό δέντρο θα είναι το αποκλίνον σημείο διακλάδωσης. Ο χρόνος αναπαρίσταται με την παλαιότερη ημερομηνία στο κάτω μέρος του γραφήματος και η σημερινή ημέρα βρίσκεται στην κορυφή του γραφήματος. Η τοποθέτηση των κλαδιών δείχνει περίπου πότε στο παρελθόν ένα εξελικτικό γνώρισμα πιθανώς άλλαξε έναν προγονικό οργανισμό σε διαφορετικά είδη.
Προσδιορίστε ένα σύνολο χαρακτηριστικών που θα χρησιμοποιήσετε για σύγκριση. Στα παραδείγματα περιλαμβάνονται το "έχει τέσσερα πόδια", "μασάει καβγά", "γεννάει ζωντανά" ή "μεγαλώνει τα μαλλιά". Οι νουκλεοτιδικές αλληλουχίες είναι δίκαιες αλφαβητικές αναπαραστάσεις του DNA που καθορίζουν τα χαρακτηριστικά, οπότε μια άλλη επιλογή θα ήταν: "περιέχει την ακολουθία ATGGACACGGA. "
Χωρίστε τους οργανισμούς με βάση τα χαρακτηριστικά. Όταν ένας οργανισμός δεν περιέχει το επιθυμητό γνώρισμα, δημιουργείται ένα κλαδί στο φυλογενετικό δέντρο. Για το χαρακτηριστικό «έχει τέσσερα πόδια», οι αγελάδες, τα πρόβατα και τα ελάφια θα ήταν όλα σε ένα κλαδί, ενώ τα ψάρια θα ήταν σε ξεχωριστό κλαδί. Επικολλήστε την εικόνα ή την ακολουθία μιας αγελάδας στην επάνω γωνία της αφίσας και του ψαριού στην αντίθετη γωνία και τραβήξτε δύο γραμμές από αυτές στη βάση του χαρτιού σε ένα τεμνόμενο σχήμα V.
Συνεχίστε να διαχωρίζετε τους πρότυπους οργανισμούς ή τις νουκλεοτιδικές αλληλουχίες έως ότου κάθε παράδειγμα έχει έναν μόνο διαχωρισμό από τον κλάδο σε ένα κλαδί. Το χαρακτηριστικό «έχει μαλλί» χωρίζει τα πρόβατα από τα ελάφια και τις αγελάδες σε ένα μοναδικό κλαδί. Τοποθετήστε την εικόνα των προβάτων κοντά στην εικόνα των ψαριών και σχεδιάστε μια γραμμή που συνδέεται σε σχήμα V μέχρι το κλαδί της αγελάδας. Η χρήση του χαρακτηριστικού «έχει αφράτη ουρά» θα ξεχωρίζει την αγελάδα από τα ελάφια. Επικολλήστε την εικόνα του ελαφιού μεταξύ της αγελάδας και του προβάτου και σχεδιάστε μια άλλη γραμμή σε σχήμα V που τέμνει πάνω από τις γραμμές ψαριών και προβάτων. Όταν κάθε είδος έχει ένα μόνο κλαδί, το φυλογενετικό δέντρο έχει ολοκληρωθεί.