Ίσως ο πιο σημαντικός τρόπος με τον οποίο τα σπόρια μούχλας διαφέρουν από τα βακτηριακά ενδοσπόρια είναι ότι τα καλούπια ταξινομούνται ως οι επονομαζόμενοι υψηλότεροι μύκητες. Ως εκ τούτου διαθέτουν αυτό που οι βιολόγοι ορίζουν τον τύπο των ευκαρυωτικών κυττάρων. Τα βακτηριακά ενδοσπόρια από την άλλη πλευρά σχηματίζονται από βακτήρια τα οποία - ως ομάδα - ταξινομούνται ως έχοντα τον προκαρυωτικό τύπο κυττάρου. Η διαφορά μεταξύ του προκαρυωτικού κυττάρου και του ευκαρυωτικού κυττάρου είναι θεμελιώδης στη βιολογία. Με τους πιο απλούς όρους, το βακτηριακό κύτταρο είναι δομικά πολύ απλούστερο.
Το ευκαρυωτικό κύτταρο - όπως εκείνα στα σπόρια μούχλας - είναι γεμάτο με ένα σύμπλεγμα κυτταρικών δομών που ονομάζονται οργανίδια. Τα οργανίδια εκτελούν κάθε είδους κυτταρικές λειτουργίες και ένα από τα πιο εμφανή οργανίδια είναι ο πυρήνας. Ο πυρήνας των ευκαρυωτικών κυττάρων των σπόρων μούχλας περιέχει το DNA που επιτρέπει στο κύτταρο να λειτουργεί και να αναπαράγεται. Αυτό έρχεται σε αντίθεση με τα βακτηριακά ενδοσπόρια στα οποία το DNA είναι λίγο πολύ ελεύθερο στο κυτταρόπλασμα του κυττάρου.
Εκτός από τον πυρήνα, το ευκαρυωτικό κύτταρο σπορίων μούχλας περιέχει τέτοια οργανίδια όπως το ενδοπλασματικό δίκτυο ή ER. Το ER είναι ουσιαστικά σαν ένα λαβύρινθο διπλωμένων μεμβρανών στον οποίο εκτελούνται πολλές βιοχημικές διεργασίες ζωτικής σημασίας για το κύτταρο. Στα σπόρια μούχλας το ER συνδέεται με τον πυρηνικό περίβλημα, μια μεμβράνη που περιβάλλει τον πυρήνα του κυττάρου. Στα βακτηριακά ενδοσπόρια αυτή η διάταξη λείπει.
Τα βακτηριακά ενδοσπόρια δεν διαθέτουν σχεδόν κανένα από τα επίπεδα κυτταρικής πολυπλοκότητας που υπάρχει στα ευκαρυωτικά σπόρια μούχλας. Μια άλλη διάκριση μεταξύ βακτηριακών ενδοσπόρων και σπόρων μούχλας - εκτός από τη θεμελιώδη διαφορά τύπου κυττάρου - είναι ο ρόλος που διαδραματίζουν στα ιστορικά ζωή των αντίστοιχων οργανισμών τους. Ένα βακτηριακό ενδοσπόριο είναι μια ανθεκτική δομή που σχηματίζεται εντός του κυττάρου ενός βακτηρίου. Σε αντίθεση με τα σπόρια μούχλας, το βακτηριακό ενδοσπόριο είναι ειδικά προσαρμοσμένο για να αντιστέκεται σε αντίξοες περιβαλλοντικές συνθήκες. Ένα βασικό χαρακτηριστικό των βακτηριακών ενδοσπόρων είναι μια ένωση που ονομάζεται διπικολινικό οξύ. Αυτή η ένωση, αν και δεν επικρατεί στα σπόρια μούχλας, είναι καθοριστική για τη μεσολάβηση της αντοχής των βακτηριακών ενδοσπόρων σε αντίξοες περιβαλλοντικές συνθήκες.
Υπάρχουν πολλές άλλες διαφορές μεταξύ των βακτηριακών ενδοσπόρων και των σπόρων μούχλας. Τα περισσότερα από αυτά έχουν, πάλι, σχέση με τη θεμελιώδη διάκριση μεταξύ του ευκαρυωτικού και του προκαρυωτικού κυττάρου. Πολλά άλλα οργανίδια εκτός από αυτά που έχουν ήδη περιγραφεί υπάρχουν στο σπόριο καλουπιού αλλά απουσιάζουν στο βακτηριακό ενδοσπόριο. Αυτές περιλαμβάνουν μια δομή που ονομάζεται συσκευή Golgi και άλλες όπως ο λεγόμενος πυρήνας. Ο πυρήνας είναι μια δομή εντός του πυρήνα των ευκαρυωτικών κυττάρων και είναι ενεργός στη σύνθεση πρωτεϊνών που είναι κρίσιμη για τη λειτουργία των κυττάρων. Τα βακτηριακά ενδοσπόρια εκτελούν πολλές από τις ίδιες βασικές λειτουργίες ζωής με τα σπόρια μούχλας, αλλά το κάνουν χωρίς τα οφέλη από εξελιγμένα οργανίδια που εμφανίζονται στο σπόριο μούχλας.
