Οι μικροοργανισμοί που βρίσκονται στα λύματα προέρχονται από δύο πηγές - απόβλητα εδάφους και υγιεινής. Ένα χιλιοστόλιτρο λυμάτων περιέχει συνήθως 100.000 έως 1 εκατομμύριο μικροοργανισμούς, σύμφωνα με την ιστοσελίδα του Mountain Empire Community College. Ενώ οι περισσότεροι από αυτούς τους οργανισμούς, όπως διάφοροι τύποι βακτηρίων, παίζουν καθοριστικό ρόλο στην αποσύνθεση των αποβλήτων και είναι Θεωρείται αναπόσπαστο συστατικό της οργανικής ύλης, μερικά είναι παθογόνα ή μεταφέρουν ασθένειες και αποτελούν απειλή για το κοινό ρείκι.
Παρασιτικά βακτήρια
Τα βακτήρια είναι μονοκύτταροι οργανισμοί που πολλαπλασιάζονται σε αιωρούμενη ύλη, όπως η λάσπη. Όταν συναντούν ανεφοδιασμό με θρεπτικά συστατικά, τρέφονται λαμβάνοντας τροφή απευθείας μέσω του κυτταρικού τοιχώματος και αναπαράγονται γρήγορα. Μεταξύ των πολυάριθμων τύπων βακτηρίων στα λύματα, οι πιο συνηθισμένοι τύποι είναι κολοβακτηρίδια κοπράνων, τα οποία προέρχονται από ανθρώπινα έντερα και ταξιδεύουν μέσω απορρίψεων ανθρώπων. Αυτά τα παρασιτικά βακτήρια απαιτούν έναν ζωντανό οργανισμό, ή έναν ξενιστή, και μια άμεσα διαθέσιμη τροφή.
Παθογόνα βακτήρια
Συγκεκριμένες μορφές παρασιτικών βακτηρίων παράγουν τοξίνες που προκαλούν ασθένειες στον οργανισμό ξενιστή. Αυτοί οι παθογόνοι τύποι βακτηρίων μπορεί να απορρίπτονται από άτομα που πάσχουν από δυσεντερία, χολέρα, τυφοειδή πυρετό και άλλες ασθένειες των εντέρων. Τα παθογόνα που απαντώνται συνήθως στα λύματα περιλαμβάνουν Salmonella, Shigella, E. coli, Streptococcus, Pseudomonas aeroginosa, mycobacterium και Giardia Lamblia, σύμφωνα με την ιστοσελίδα του Συμβουλίου Ποιότητας και Υγείας του Νερού. Οι επιδημίες της Shigellosis προήλθαν από οστρακοειδή γλυκού νερού μολυσμένα από ροές λυμάτων, όπως καταγράφονται από τα Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων των ΗΠΑ. Λόγω της αύξησης του πληθυσμού και της αυξημένης απόρριψης στα λύματα, η προκύπτουσα αφθονία παθογόνων βακτηρίων κατακλύζει τις φυσικές διαδικασίες αποσύνθεσης και αραίωσης.
Σαπροφυτικά βακτήρια
Τα σαπροφυτικά βακτήρια καταναλώνουν νεκρές οργανικές ουσίες, οι οποίες βοηθούν στη διάσπαση των αποβλήτων σε ανόργανα και οργανικά υποπροϊόντα. Αυτά τα βακτήρια παίζουν κρίσιμο ρόλο στην επεξεργασία λυμάτων διευκολύνοντας ή επιταχύνοντας τη διαδικασία αποσύνθεσης της οργανικής ύλης. Χωρίς σαπροφυτικά βακτήρια ενδέχεται να μην αποσυντεθεί. Τα διαφορετικά είδη σαπροφυτικών βακτηρίων χάνονται αφού έχουν παίξει τον ρόλο τους στο σχετικό στάδιο της αποσύνθεσης.
Ιοί
Μεταξύ των μικροβίων που βρίσκονται στα λύματα είναι ιοί, οι οποίοι είναι παρασιτικοί οργανισμοί που απαιτούν ζωντανή ύλη για να τρέφονται, να μεγαλώνουν και να αναπαράγονται. Οι παθογόνοι ιοί που υπάρχουν στα λύματα περιλαμβάνουν πολιομυελίτιδα και ηπατίτιδα. Διάφοροι εντερικοί ιοί, όπως coxsackie, αδενοϊός και ECHO, ή εντερικά κυτταροπαθητικά ορφανά, βρίσκονται επίσης στα λύματα. Ένας άλλος κοινός τύπος ιού στα λύματα, ο οποίος θύμα βακτηρίων αλλά όχι ανθρώπων, είναι γνωστός ως φάγος ή βακτηριοφάγος. Σε αντίθεση με τα βακτήρια, ο αριθμός των παθογόνων ιών στα λύματα είναι μικρός. Ένας μοναδικός μολυσματικός ιός μπορεί να υπάρχει μεταξύ περίπου εκατομμυρίων κολοβακτηριδίων, σύμφωνα με την ιστοσελίδα του Mountain Empire Community College.