Τα κωνοφόρα δέντρα διαθέτουν δύο τύπους κώνων: τον κώνο γύρης και τον κώνο σπόρου. Μερικά κωνοφόρα έχουν και τους δύο τύπους κώνων στο ίδιο δέντρο, καθιστώντας δυνατή την επικονίαση του δέντρου. Η εγκάρσια επικονίαση συμβαίνει όταν ένα δέντρο παράγει μόνο κώνους σπόρων και ως εκ τούτου πρέπει να γονιμοποιηθεί με γύρη που μεταφέρεται στους κώνους σπόρων από κώνους γύρης που βρίσκονται σε άλλα κοντινά δέντρα.
Οι κώνοι γύρης είναι χαρακτηριστικά μικρότεροι και ευρύτεροι από τους κώνους σπόρων. Οι κώνοι γύρης τείνουν να πηγαίνουν εκεί και να πεθαίνουν όταν η γύρη μέσα στους κώνους απελευθερωθεί για να γονιμοποιήσει τους κώνους σπόρου. Στην αδρανή φάση του, ένας κωνοφόρος οφθαλμός μπορεί να είναι αρσενικός, θηλυκός ή βλαστικός. Η διάκριση μεταξύ των τύπων μπουμπουκιών σε αυτό το στάδιο είναι δυνατή μόνο με τομή. Μια ένδειξη που μπορεί να βοηθήσει στην αναγνώριση κώνου γύρης είναι η θέση του. Οι κώνοι σπόρων τείνουν να αναπτύσσονται ψηλότερα στο δέντρο για να βοηθήσουν στη διασπορά μόλις γονιμοποιηθούν οι σπόροι.
Οι κώνοι σπόρων χρησιμοποιούνται συνήθως για την αναγνώριση του τύπου του δέντρου επειδή παραμένουν πάνω ή κάτω από το δέντρο για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα. Οι λεπτοί κώνοι σπόρων διογκώνονται για τέσσερις έως έξι εβδομάδες έως ότου αρχίσουν να εμφανίζονται οι κόκκινες ή πράσινες άκρες των ωοθυλακίων. Οι ζυγαριές τείνουν να διπλώνονται όρθια από τη βάση του κώνου και στη συνέχεια να γέρνουν προς τα κάτω αφού αποδεχτούν τη γύρη από τους κώνους γύρης για να ξεκινήσουν την ανάπτυξη των σπόρων και την ωριμότητα του κώνου σήματος.
Μερικά κωνοφόρα δεν έχουν ούτε γύρη ούτε κώνους σπόρων. Αντ 'αυτού, το δέντρο παράγει φρούτα που καλύπτει μερικώς τους σπόρους. Το καναδικό yew είναι ένα παράδειγμα κωνοφόρων που παράγει aril που περιέχει ένα σαρκώδες κάλυμμα που περιέχει τους σπόρους του δέντρου. Προκειμένου να αποφευχθεί η υπερβολική απώλεια σπόρων λόγω αρπακτικών ζώων και πτηνών που μπορεί να επιθυμούν να τρέφονται με φρούτα του yew, αυτό το δέντρο έχει προσαρμοστεί έτσι ώστε τα φρούτα του να είναι τοξικά και οι σπόροι να παραμένουν ανενόχλητος.
Τα κωνοφόρα κωνοφόρα, ή τα pinophyta, ταξινομούνται ως γυμναστικοί σπόροι (γυμνοί σπόροι) επειδή οι ωοθήκες και οι σπόροι τους δεν περικλείονται εντός των ωοθηκών ή δεν βρίσκονται εντός προστατευτικών καλυμμάτων φρούτων. Εάν ένα κωνοφόρο έχει τόσο γύρη όσο και κώνους σπόρων στο ίδιο δέντρο, ταξινομείται περαιτέρω ως διπλοειδές σπορόφυτο. Μόλις σχηματιστούν οι σπόροι μετά την επικονίαση, οι κλίμακες του κώνου ανοίγουν για να απελευθερώσουν τους σπόρους για διασπορά από το νερό, τον άνεμο και την κίνηση του ανθρώπου και των ζώων.
