Γνωστή για τη βιοποικιλότητά της, η Μαλαισία φιλοξενεί 15.000 ανθοφόρα φυτά. Ωστόσο, η χλωρίδα και η πανίδα του έθνους απειλούνται σοβαρά και έχουν βιώσει κατά 70 τοις εκατό μείωση της αρχικής ανάπτυξης. Σύμφωνα με την Κόκκινη Λίστα της Διεθνούς Ένωσης για τη Διατήρηση της Φύσης (IUCN), η Μαλαισία έχει 686 είδη απειλούμενων φυτών από το 2007. Η νομοθεσία της Μαλαισίας προστατεύει τα πουλιά, τα θηλαστικά και τα έντομα. Η χλωρίδα και η πανίδα προστατεύονται μόνο εάν αναπτύσσονται σε εθνικό πάρκο ή καταφύγιο.
Οι κυριότεροι τύποι δασών στη Μαλαισία είναι το Giam Kanching ή σπάνιο δάσος διτερτοκάρπου, μαγκρόβια δάση, δάσος βάλτων τύρφης και ερημικά δάση, σύμφωνα με το Worldwide Wildlife Fund. Το δίτερκοκαρπό δέντρο, γνωστό για τον καρπό του με δύο φτερωτούς σπόρους, αναπτύσσεται σε στεριά που βρίσκεται ακριβώς πάνω από τη στάθμη της θάλασσας σε υψόμετρο περίπου 900 μέτρων. Τα δάση χαμηλού εδάφους dipterocarp, τα οποία βρίσκονται έως 300 μέτρα πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας, έχουν αποδεκατιστεί λόγω της γεωργίας και άλλων εντατικών δραστηριοτήτων στη γη. Ενώ μια τσέπη από δέντρα Dipterocarp προστατεύεται στο Δασικό Καταφύγιο Kanching, αυτό το είδος θεωρείται εξαιρετικά απειλούμενο - στα πρόθυρα της εξαφάνισης - στην Κόκκινη Λίστα.
Αυτό το σαρκοφάγο τροπικό φυτό αναπτύσσεται μόνο σε ποώδη δάση σε υψόμετρο 2.000 έως 2.600 μέτρων στο όρος Trus Madi στο Μπόρνεο. Το Nepenthes macrophylla έχει φύλλα σε σχήμα στάμνης που κρέμονται από αμπέλια μήκους δέκα μέτρων. Τα έντομα γλιστρούν από την κηρώδη κορυφή του λουλουδιού σε μια δεξαμενή οξέων που εκκρίνεται από αδένες στο κάτω μέρος του λουλουδιού, σύμφωνα με το ASEAN Review of Biodiversity & Environmental Conservation. Η κόκκινη λίστα του IUCN έχει κατηγοριοποιήσει τη μακροφύλλα Nepenthes ως εξαιρετικά απειλούμενη.
Το Taxitheliella richardsii θεωρείται απειλούμενο με κριτικό κίνδυνο από την Κόκκινη Λίστα, είναι ένα βρύο στην οικογένεια Sematophyllaceae και προέρχεται από τη Μαλαισία. Η μόνη γνωστή περιοχή (λιγότερο από 10 km²) όπου βρέθηκε το βρύο είναι στο Sarawak, ένα μαλαισιανό κράτος στο βορειοδυτικό Μπόρνεο. Το Taxitheliella richardsii αναπτύσσεται σε ξυλώδη αμπέλια και σάπια κούτσουρα σε υποτροπικά δάση, έναν βιότοπο που εξαφανίζεται λόγω της συγκομιδής και της υλοτομίας ξύλου.