Η ζωή έχει ακμάσει στα τροπικά δάση και στα θαλάσσια περιβάλλοντα της Κόστα Ρίκα (ένα στα 20 από όλα τα είδη φυτών και ζώων μπορεί να βρεθεί στην Κόστα Rica), αλλά υπάρχουν επίσης περισσότερα από 100 είδη εκεί στη Διεθνή Ένωση για τα είδη που απειλούνται με εξαφάνιση της φύσης και των φυσικών πόρων λίστα. Η αποψίλωση των δασών, η μετατροπή των ενδιαιτημάτων και η ρύπανση είναι οι ένοχοι πίσω από την εξασθένηση πολλών ειδών.
Θηλαστικά
Η Κόστα Ρίκα έχει έναν από τους πλουσιότερους πληθυσμούς νυχτερίδων στον κόσμο, που αποτελείται από το μισό πληθυσμό των θηλαστικών. Τα είδη νυχτερίδων στη λίστα κυμαίνονται από το μεγάλο αρπακτικό φασματικό ρόπαλο έως το λευκό νυχτερίδα της Ονδούρας, μήκους περίπου 37 έως 47 mm, αν και τα δύο είναι χαμηλού κινδύνου. Οι αιλουροειδείς όπως η μικρή γάτα, η Κόστα Ρίκα κουγκάρ και η ιαγουάρος της Κεντρικής Αμερικής έχουν κυνηγηθεί από αυτές βιότοπους, και ταμαρίνη cottontop, μανδύα ουρλιαχτό και πρωτεύοντα αράχνη Geoffroy έχουν μειωθεί σημαντικά. Άλλα απειλούμενα θηλαστικά περιλαμβάνουν τον γιγαντιαίο anteater, τα ελάφια Sambar και την τάπιρη του Baird.
Πουλιά
Η Κόστα Ρίκα φιλοξενεί 894 είδη πτηνών, περισσότερο από ό, τι στις ΗΠΑ και τον Καναδά. Από αυτούς, περισσότεροι από 600 είναι μόνιμοι κάτοικοι, συμπεριλαμβανομένης της απειλούμενης ομπρέλας με γυμνό λαιμό, μαύρου γκουάν και μπλε και χρυσού μαυρίσματος, αλλά πουλιά όπως το cerulean συλβία και το κομψό στέρνα είναι μεταναστευτικά. Το finch Island Cocos βρίσκεται στο νησί Cocos 360 μίλια μακριά από την ακτή της Κόστα Ρίκα. Είναι το μόνο από τα σπίτια του Δαρβίνου που δεν είναι ενδημικά στον Γκαλάπαγο. Άλλα απειλούμενα πουλιά περιλαμβάνουν γνωστά είδη όπως ο αετός (μαύρος μοναχικός αετός), ο μακώ (μεγάλος πράσινος μακώ), το κολίβριο (κολίβριο μαγκρόβια) και ο παπαγάλος (κόκκινος παπαγάλος).
Ερπετά και Αμφίβια
Η ιγκουάνα με πέντε καύλες και η χελώνα στενής γέφυρας είναι μερικά από τα ερπετά που απειλούνται, αλλά υπάρχουν πολλά περισσότερα απειλούμενα αμφίβια, τα περισσότερα από τα οποία είναι βάτραχοι ή σαλαμάνδρες που συνήθως αντιπροσωπεύονται από μεγάλη ποικιλία στο τροπικό δάσος περιβάλλοντα. Ο βάτραχος των φύλλων κερκοπίθηκων και το δέντρο βάτραχου του Starrett αναφέρονται ως εξαιρετικά απειλούμενοι. Το ίδιο ισχύει και για το El Empalme worm salamander και δύο είδη φρύνων: ο φρύνος του pico blanco και ο βάτραχος. Ο χρυσός βάτραχος Monte Verde δεν έχει δει από το 1989 και θεωρείται ότι έχει εξαφανιστεί.
Ψάρι
Τα περισσότερα ψάρια της Κόστα Ρίκα στον κατάλογο των απειλούμενων ειδών είναι είτε σχεδόν απειλούμενα είτε ευάλωτα. Σε αυτά περιλαμβάνονται η σφυρίδα ελιάς, ο ιππόκαμπος του Ειρηνικού και ο καρχαρίας. Ορισμένες ακτίνες περιλαμβάνονται επίσης στη λίστα, όπως η ηλεκτρική ακτίνα bullseye στον Ειρηνικό και η ακτίνα cownose στον Ατλαντικό.
Ασπόνδυλα
Υπάρχουν πολλά απειλούμενα σκιάδα, έντομα που μοιάζουν με τις λιβελλούλες. Αυτά περιλαμβάνουν είδη με μαύρη πλάτη, επιμήκη, chiriquita, κακάο και ρεβενταζόν. Πολλά από τα άλλα απειλούμενα έντομα είναι λιβελλούλες όπως το λιμόνι, το καμπούρι, το καταγό, το ηφαίστειο, η αλαουέλα και τα κέρατα. Δύο είδη καβουριών γλυκού νερού και πολλά θαλάσσια κοράλλια έκαναν επίσης τη λίστα IUCN.
Φυτά
Υπάρχουν πάνω από 9.000 γνωστά είδη φυτών στην Κόστα Ρίκα. Τα απειλούμενα φυτά περιλαμβάνουν μέλη της οικογένειας των οσπρίων, όπως το abarema και το lancepod, το τελευταίο του οποίου προέρχεται από το όνομά του από τον καρπό της σαν λόγχη. Υπάρχουν επίσης 24 είδη ευγονίας του ανθοφόρου φυτού, εννέα είδη του αρωματικού φυτού quararibea και δύο είδη του γένους virola, το οποίο σχετίζεται στενά με το μοσχοκάρυδο και έχει κίτρινα άνθη με πικάντικο οσμή. Άλλα μεγάλα απειλούμενα γένη περιλαμβάνουν το κοράλλι, το cryosophila φοινικόδεντρων και το αειθαλές ή ξηρό σεζόν φυλλοβόλο δέντρο. Η Κότα Ρίκα jatropha, manilkara και gavilán blanco tree είναι ειδικά απειλούμενα είδη φυτών.