Der vielleicht wichtigste Unterschied zwischen Schimmelpilzsporen und bakteriellen Endosporen besteht darin, dass Schimmelpilze als sogenannte höhere Pilze klassifiziert werden. Als solche weisen sie das auf, was Biologen den eukaryotischen Zelltyp nennen. Bakterielle Endosporen bilden sich dagegen aus Bakterien, die als Gruppe dem prokaryontischen Zelltyp zuzuordnen sind. Der Unterschied zwischen der prokaryontischen Zelle und der eukaryontischen Zelle ist ein grundlegender in der Biologie. Einfach ausgedrückt ist die Bakterienzelle strukturell viel einfacher.
Die eukaryotische Zelle ist – wie die in Schimmelpilzsporen – mit einem Komplex von Zellstrukturen, den Organellen, übersät. Organellen erfüllen alle möglichen Zellfunktionen und eine der auffälligsten Organellen ist der Zellkern. Der eukaryotische Zellkern von Schimmelpilzsporen enthält die DNA, die es der Zelle ermöglicht, zu funktionieren und sich zu vermehren. Dies steht im Gegensatz zu bakteriellen Endosporen, bei denen die DNA im Zytoplasma der Zelle mehr oder weniger frei ist.
Neben dem Zellkern enthält die eukaryotische Schimmelpilzsporenzelle solche Organellen wie das endoplasmatische Retikulum oder ER. Das ER ist im Wesentlichen wie ein Labyrinth aus gefalteten Membranen, in dem viele für die Zelle lebenswichtige biochemische Prozesse ablaufen. In Schimmelpilzsporen ist das ER mit der Kernhülle verbunden, einer Membran, die den Zellkern umgibt. Bei bakteriellen Endosporen fehlt diese Anordnung.
Bakterielle Endosporen weisen praktisch keine der zellulären Raffinessen auf, die in eukaryotischen Schimmelpilzsporen vorhanden sind. Ein weiterer Unterschied zwischen bakteriellen Endosporen und Schimmelpilzsporen ist – neben ihrem grundlegenden Zelltypunterschied – die Rolle, die sie in der Lebensgeschichte ihrer jeweiligen Organismen spielen. Ein bakterieller Endospor ist eine resistente Struktur, die sich in der Zelle eines Bakteriums bildet. Im Gegensatz zu Schimmelpilzsporen ist die bakterielle Endospor speziell an widrige Umweltbedingungen angepasst. Ein Schlüsselmerkmal bakterieller Endosporen ist eine Verbindung namens Dipicolinsäure. Diese Verbindung ist zwar in Schimmelpilzsporen nicht weit verbreitet, trägt jedoch dazu bei, die Resistenz der bakteriellen Endosporen gegen widrige Umweltbedingungen zu vermitteln.
Es gibt zahlreiche weitere Unterschiede zwischen bakteriellen Endosporen und Schimmelpilzsporen. Die meisten von ihnen haben wiederum mit der grundlegenden Unterscheidung zwischen der eukaryontischen und der prokaryontischen Zelle zu tun. Viele andere Organellen neben den bereits beschriebenen sind in der Schimmelpilzspore vorhanden, aber in der bakteriellen Endosporen nicht vorhanden. Dazu gehören eine Struktur namens Golgi-Apparat und andere wie der sogenannte Nukleolus. Der Nukleolus ist eine Struktur im Kern der eukaryotischen Zellen und ist an der für die Zellfunktion kritischen Proteinsynthese aktiv. Bakterielle Endosporen erfüllen viele der gleichen wesentlichen Lebensfunktionen wie Schimmelpilzsporen, tun dies jedoch ohne die Vorteile der hochentwickelten Organellen, die in den Schimmelpilzsporen enthalten sind.