Mens lysmikroskoper er billige sammenlignet med elektronmikroskoper, kan de være meget dyre for en skole. Lysmikroskopet kan øge detaljerne i objekter med 1.000, hvilket er nyttigt for biologiklasser, der studerer mikroorganismer. Ved at tage sig af mikroskopet kan det sikre, at det overlever i årtier, hvilket sparer skolen for mange penge.
Holding
Alt på lysmikroskopet er meget dyrt, så studerende skal være forsigtige, når de bruger nogen del af lysmikroskopet. Når man bærer lysmikroskopet, skal håndtererne til enhver tid lægge den ene hånd på basen for at undgå at tabe den, mens den anden hånd skal være på armen. Mikroskopet må aldrig bæres på hovedet, da okularet falder ud. Det bør aldrig svinges, når det bæres, ifølge Miami University.
Frakobling
Lysmikroskopet skal frakobles efter brug og skal være tildækket. Hold lyset slukket, når det ikke er i brug, da pærerne har en begrænset levetid og er dyre at udskifte. Da nogle mennesker måske vælger at stjæle og sælge det sammensatte mikroskop, skal de låses et sikkert sted, når de ikke er i brug. Ledningen skal vikles sikkert rundt om mikroskopet, så den ikke bliver fanget af noget.
Linsepleje
Den optiske linse er meget følsom og kan ridses af de fleste papirformer, så operatører bør kun bruge linsepapir, når de rengør linsen. Desuden må rengøringsmidlet aldrig bruge væske på linsen, ifølge Bates College. Når man zoomer ind på prøven, skal den studerende justere objektivobjektivet. Justering af den får den til at bevæge sig tættere på prøven, så at justere den for hurtigt kan få den til at ramle ind i diaset, hvilket kan bryde både dias og linser. Slides og dækglas er lavet af glas, så de vil skære folk, når de går i stykker. Alle glasskiver, der ser revnede ud, skal bortskaffes med det samme.
Ledningssikkerhed
Mikroskopledningen kan fanges af en persons fødder og trække mikroskopet ned på gulvet, hvor det kan gå i stykker. Derfor skal brugerne altid være opmærksomme på ledningens placering. Brugere skal trække i ledningen ved stikket, når de trækker den ud af stikkontakten i stedet for at trække i ledningen, hvilket kan beskadige den.