Brint (H2) kombineres eksplosivt med ilt (O2) til dannelse af vand (H2O). Reaktionen er eksoterm, med andre ord frigiver den energi. Brint og ilt er derfor blevet brugt som raketbrændstof i årtier, ikke på grund af en fordel for miljøet, men fordi brændstoffets fulde vægt antændes. At processen er renbrænding foreslået for nogle tilbage i 1990'erne, at det også ville være miljøvenligt at udvide brugen som bilbrændstof. Selvom ideen hurtigt blev afskediget af videnskabelige grunde, har ideen oplevet en genfødsel i de senere år.
Tilhængere af brint som brændstof mener, at en omskiftning fra kulbrinter til brintbrændstof er en fordel for miljøet. Specifikt viser de den renlighed, hvormed brændstof brænder, og producerer kun energi og vand. Dette ignorerer dog produktionsenden, som er stærkt forurenende.
Cirka 95 procent af det brint, der i øjeblikket produceres i USA, kommer fra behandling af naturgas kaldet ”dampmetanreformering”. Selvom processen bruger naturgas, skaber produktionen en hel del CO2 - det modsatte af indtrykets tilhængere af brændstof give.
Adskillelsen af brint og ilt ved hydrolyse (ved hjælp af elektricitet) er meget mindre populær end dampmetanreformering, fordi den er så ineffektiv; kun omkring 70 procent. Ifølge dokumentarfilmen "Hvem dræbte elbilen?" en brændselscellebil drevet af brint fremstillet med elektricitet bruger tre til fire gange mere energi end en bil drevet af batterier. Denne forskel forventes at blive større, da batteriteknologien fortsat forbedres.
Brintlækage kan forekomme i mange trin af dets produktion og anvendelse. Science Magazine rapporterede i juni 2003, at brændstoflækage fra udbredt anvendelse af brintbrændstof ville fælde ozon hurtigere end CFC. Klorfluorcarboner er forbudt over hele verden for at forhindre forringelse af det beskyttende ozonlag.
Brintbiler skader miljøet yderligere ved at distrahere fra den langt større effektivitet af elbiler. Forskningsingeniør Wally Rippel fra AeroVironment fremførte argumentet om, at GM og Shell skubber brintbrændselsceller frem som en måde at distrahere offentligheden med en teknologi, der er for langt i fremtiden til at skade den nuværende efterspørgsel - og derfor handler for at bevare status quo. I modsætning hertil har den amerikanske energisekretær og nobelist Steven Chu opfordret til annullering af alle $ 100 mio. I sit DoE-budget til brændselscelleforskning.
To muligheder, som forskere forfølger for at bjærge brint som et miljøvenligt brændstof, er som følger. Argonne National Lab studerer CO2-opsamling under dampmetanreformeringsprocessen. Og forskere i Australien arbejder på en soldrevet brintpumpe til boliger - der skaber brintbrændstof ved hydrolyse ved hjælp af solceller på ens eget garagetag.