Når du har kørt DNA-prøver på en agarosegel og taget et billede, kan du gemme billedet til senere, på hvilket tidspunkt du kan analysere resultaterne og fortolke dem. Hvilke ting du leder efter, afhænger af arten af dit eksperiment. Hvis du f.eks. Laver DNA-fingeraftryk, vil du gerne sammenligne størrelsen på stykker DNA fra to prøver - måske fra den mistænkte og fra en gerningsstedsprøve. Hvis du arbejder med plasmider fra bakterier, skal du derimod muligvis sørge for, at plasmidet indeholder indsatsen. Derfor afhænger det, hvordan du fortolker din gel, delvis af det eksperiment, du gjorde. Ikke desto mindre er der nogle generelle regler, du kan anvende.
Bemærk, at du måske eller måske ikke behøver at bruge instruktionerne i dette afsnit. Agarosegelelektroforese bruges ofte til at bekræfte, at et plasmid indeholder en given indsats. Hvis du ikke arbejder med plasmider, kan du springe dette afsnit over. Hvis du er, kan du dog følge disse instruktioner.
Bemærk, at hvis du arbejder med ikke-skårne eller nicked plasmider, kan du ikke estimere størrelsen ved hjælp af proceduren fra afsnit 1 ovenfor. Det skyldes, at uklipte og nickede plasmider migrerer med forskellige hastigheder fra lineært DNA.
Sammenlign antallet af bånd i hver bane. Husk, at et restriktionsenzym skærer DNA på steder, hvor en given sekvens kaldet restriktionsstedet forekommer. Hvis en prøve blev behandlet med TO restriktionsenzymer, skulle et bånd til indsatsen og et bånd for den resterende del af plasmidet begge være til stede. Det skyldes, at indsatsen flankeres af to restriktionssteder, hver for et andet enzym, så udskæringer på begge disse steder frigør indsatsen fra plasmidet. Et snit på kun et sted vil derimod konvertere plasmidet til lineært DNA. En prøve, der er skåret uden restriktionsenzymer eller et restriktionsenzym, skal derefter have et enkelt bånd, mens en prøve, der er skåret med to restriktionsenzymer, skal have to bånd.
Hold øje med bånd oprettet af nicked plasmid DNA. Et nicked plasmid har kun et snit i en enkelt streng, så det vandrer langsommere end et skåret plasmid. Skårne plasmider migrerer igen langsommere end uskåret DNA.
Anslå størrelsen på indsatsen ved hjælp af proceduren beskrevet i afsnit 1, og fastlæg, om den svarer til dine forventninger (som vil variere afhængigt af eksperimentet).
Ting, du har brug for
- Blyant
- Papir
- Regnearkprogram
- Billede af din gel
- Lineal