I gelelektroforese adskilles prøver af DNA eller proteiner - typisk baseret på størrelse - ved at anvende et elektrisk felt, der får dem til at migrere gennem en gel. Brugen af gelelektroforese er rutine i biomedicinske forskningslaboratorier og bruges til at besvare en række forskellige spørgsmål, så der er ikke rigtig en universel måde at analysere resultaterne på.
Forskellige teknikker som f.eks. Western blotting, Northern blotting og Southern blotting involverer alle gelelektroforese.
Hvis du gør det agarosegel elektroforese af DNA-prøver, den mest almindelige form for procedure, skal du typisk gøre mindst to ting: 1) skelne uskåret plasmider fra indsatser, nicked plasmider og skårne plasmider og, 2) estimere størrelsen på de forskellige DNA-fragmenter med en standardkurve Excel eller lommeregner.
Tjek din lab-notesbog for at bestemme, hvilke prøver der blev indlæst i hvilke baner. Når du fyldte brøndene til din gel, skulle du have noteret identiteten af hver bane / prøve.
Brug en lineal til at måle afstanden på dit billede fra brøndene til sporingsfarvestoffet, hvilket vil har rejst længere end nogen af DNA-båndene (med andre ord, den vil være i bunden af gel). Optag dette nummer - de enheder, du bruger, er ikke vigtige.
Mål afstanden på dit billede fra brøndene til hvert af båndene i "stigen", divider derefter afstanden med den afstand, sporingsfarvestof bånd. Denne beregning giver dig den relative mobilitet for hvert bånd.
Eksempel: Antag, at sporingsfarvestofbåndet vandrede 6 tommer, og vi har tre bånd, der rejste 5, 4,5 og 3,5 tommer.
Hvad er deres relative mobilitet? Svar: Vi deler 5, 4.5 og 3.5 med 6 for at opnå relative mobiliteter på 0,833, 0,75 og 0,5833.
Producenten giver dig størrelsen på hvert fragment i de stiger, de leverer, så du bør allerede have disse oplysninger.
Brug Trendline-funktionen i dit regnearksprogram til at tilpasse en ligning til dataene. Denne ligning skal være en effektligning (f.eks. X ^ -2) og skal passe dataene relativt godt (R-koefficient på mindst 0,9). Dette skaber en kurve og en standardkurve Excel.
Husk at mindre DNA-fragmenter bevæger sig længere gennem gelen end store DNA-fragmenter, så de der er tættest på sporingsfarvestoffet vil være den mindste. Bemærk dog, at hvis plasmid (cirkulær) DNA er uklippet, det bliver "supercoiled" eller snoet som en telefonkabel, som faktisk får det til at rejse fjernere end lineært DNA af samme størrelse.
Ligeledes vil et "nicked" plasmid, der er blevet skåret ufuldstændigt, rejse en kortere afstand end lineær DNA af samme størrelse. Derfor kan du ikke estimere størrelsen på ikke-skårne plasmider fra din gel.
Match båndene i hver bane med identiteten af den prøve, du har indlæst i den bane, og afgør, om det du ser er det, du havde forventet. Dette afhænger af arten af dit eksperiment.
Generelt, hvis du dog fordøjede et insertplasmid med to restriktionsenzymer, ville du dog forvente, at insertet blev frigjort fra plasmidet.
Da det er meget mindre end plasmidet, ville du forvente at se to bånd i den bane, en nær toppen og den anden ned nær bunden. Et plasmidsnit med kun ét restriktionsenzym skal kun danne et enkelt bånd, der bevæger sig lidt længere end plasmidsnittet med to restriktionsenzymer, men ikke i nærheden af så langt som indsatsen.
Mål afstanden fra brøndene til det afskårne plasmid, og indsæt bånd med din lineal. Del disse tal med afstanden, der spores af sporingsfarvestoffet, for at finde relativ mobilitet af indsatser og afskårne plasmider.