Ofte betragtes som de enkleste livsformer, bakterier udgør en forskelligartet gruppe af organismer. Mangfoldigheden af bakterier har ført til, at denne gruppe er opdelt i to livsområder, Eubacteria og Archaea. På trods af denne mangfoldighed deler bakterier en række karakteristika, især med prokaryote celler. Derudover er der et antal egenskaber, såsom cellevægssammensætning, der er vidt udbredt blandt eubakterierne og arkæere, selvom eksistensen af nogle bakterier uden disse næsten allestedsnærværende egenskaber understreger deres mangfoldighed.
Encellet
Måske er det mest ligefremme træk ved bakterier deres eksistens som encellede organismer. Mens de fleste bakterier, arkæer og eubakterier, bruger hele deres mikroskopiske livscyklus som uafhængig single celler, nogle som de jordboende myxobakterier vil danne flercellede frugtlegemer som en del af deres liv cyklus.
Fraværende organeller
Eukaryote celler, såsom celler fra planter, dyr og svampe, har en membranbundet kerne, der opdeler cellens DNA fra resten af cellen. Andre funktioner i disse celler er også sekvestreret i specialiserede membranbundne organeller, såsom mitokondrier til cellulær respiration og kloroplaster til fotosyntese. Bakterier mangler en kerne og komplekse organeller i deres celler. Dette betyder ikke, at bakterier ikke har intern organisation, da deres DNA ofte sekvestreres i en region af bakteriecellen kendt som nucleoid. Det er dog vigtigt at bemærke, at nukleoid ikke er fysisk adskilt fra resten af cellen af en membran.
Plasma membran
Mens plasmamembraner er almindelige i andre levende celler, er disse membraner ikke et træk ved bakterier. Fraværet af indre organeller forvandler mange funktioner, der forekommer i eukaryote celler, til at forekomme på plasmamembranen af bakterier. For eksempel tillader specielle infoldninger af plasmamembranen fotosyntetiske bakterier at udføre lysafhængig reaktioner fra fotosyntese, som fotosyntetiske eukaryoter udfører på thykaloidmembranerne i kloroplast.
Cellevægge
En peptidoglycan cellevæg er et almindeligt træk blandt eubakterier. Denne cellevæg omslutter bakteriecellen, hvilket giver styrke og forhindrer brud i skiftende miljøer. En af de grundlæggende tests, der udføres for at identificere bakterier, er Gram-pletten, som kategoriserer eubakterier som Gram-positive eller Gram-negative baseret på cellevæggens evne til at tilbageholde krystal violet farvestof. Cellevæggen er målet for det antibiotiske penicillin og dets derivater. Penicillin hæmmer dannelse af cellevæg og kan ødelægge væggene, især i hurtigt voksende og formerende bakterier. Igen understreger mangfoldigheden inden for denne gruppe, ikke alle eubakterier har en peptidoglycan cellevæg. Cellevæggen af chlamydia mangler peptidoglycan. Mycoplasma mangler nogen cellevæg. Arkæer har også en cellevæg, men bruger andre stoffer end peptidoglycan.
DNA
De multiple, lineære kromosomer, der ofte er vist grafisk i biologibøger er specifikke for eukaryoter. Omvendt har både arkæer og eubakterier et enkelt-cirkulært kromosom og en DNA-sekvens, der er meget kortere end den, der findes i eukaryoter. Den kortere DNA-sekvens kan delvist forklares ved den forholdsvis reducerede kompleksitet af bakterieceller, men også resultater fra den reducerede tilstedeværelse af introner - segmenter af et gen, der fjernes under translation af DNA'et til protein. Bakteriegenomet forstærkes af mindre DNA-fragmenter kendt som plasmider, selvom disse ikke er unikke for bakterier og også findes i eukaryoter. Plasmider replikeres inden i bakteriecellen uafhængigt af bakteriekromosomet og kan udveksles mellem forskellige bakterieorganismer. Plasmider kan give værtsceller attributter såsom antibiotikaresistens.