Gelelektroforese er en af de vigtigste metoder, der anvendes i molekylærbiologi til analyse af DNA. Denne metode involverer migration af fragmenter af DNA gennem en gel, hvor de adskilles på basis af størrelse eller form. Selv en videnskabelig sund metode som gelelektroforese er imidlertid ikke immun over for fejl.
Sådan fungerer elektroforese
•••Jezperklauzen / iStock / Getty Images
Gelelektroforese involverer brugen af en gel, der sædvanligvis er fremstillet af polymerer, såsom agarose. Gelen nedsænkes i en bufferopløsning, der leder et elektrisk felt. DNA-prøven af interesse fragmenteres først under anvendelse af restriktionsenzymer og injiceres derefter i gelen. Når det elektriske felt er tændt, migrerer DNA-fragmenterne i gelen mod den positive elektrode. Hvis DNA-fragmenterne har forskellige størrelser, vil migrationstiderne være forskellige for hvert størrelsesfragment. Fragmenterne visualiseres derefter ved anvendelse af et farvestof eller autoradiografi og er synlige som bånd i gelen.
Kontaminering af prøven
•••aiaikawa / iStock / Getty Images
Den største anvendelse af elektroforese er som et redskab til analyse af DNA i molekylærbiologi, men det bruges også i retsmedicin som et middel til at identificere prøver fra en gerningssted. Det er vigtigt, at kilder til fejl i denne teknik minimeres for at få nøjagtige resultater. En fejlkilde er forurening af DNA-prøven. Hvis der er fremmed DNA i prøven, vil gelen have flere bånd, end der ville være at finde i en gel, der kun indeholder den oprensede prøve.
Problemer med gel, strøm og buffer
•••IndiaImages / iStock / Getty Images
Koncentrationen af gelen skal også være korrekt for at undgå fejl. Hvis koncentrationen er for høj eller for lav, migrerer fragmenterne enten for langsomt eller for hurtigt. Dette vil føre til fejl i løsningen af de forskellige bånd. Under elektroforesekørslen skal man sørge for, at spændingen er konstant. Eventuelle udsving i spændingen vil resultere i ustabil migration af DNA-fragmenter, hvilket fører til fejl i læsning af båndene. Pufferopløsningen skal også have den korrekte sammensætning, da en puffer med forkert pH eller ionkoncentration vil ændre DNA-fragmenternes form og også ændre deres migrationstider.
Korrekt visualisering
•••Ingram Publishing / Ingram Publishing / Getty Images
Vigtigst er det, at gelen skal visualiseres korrekt. Hvis koncentrationen af farvestoffet eller den radioaktive probe, der bruges til at visualisere prøverne, er for høj, vil det resulterende billede være meget rodet, da resterende fragmenter også vil blive visualiseret. Hvis gelkoncentrationen er for lav, er der ingen visualisering. Når de korrekte processer er blevet fulgt i alle faser, vil gelelektroforese give resultater, der er nøjagtige og kan bruges med stor tillid. Som med alle videnskabelige procedurer kan gelelektroforese være udsat for fejl, men disse kan minimeres med korrekt forberedelse og håndtering.