En allel er en mulig kodende sekvens af et gen. En almindelig misforståelse eller mangelfuld terminologi er, at der er gener til specifikke træk. Gener kontrollerer forskellige træk ved en organisme, såsom hårfarve eller øjenfarve, men det faktiske udtryk for et træk afhænger af, hvilken allel der er dominerende. For eksempel kan genet til øjenfarve hos mennesker have en allel til brune øjne og en allel til blå øjne eller en allel til brune øjne og en til grønne øjne. Mennesker såvel som andre livsformer, der har to kopier af hvert kromosom, har også to kopier af hvert gen til lagring af alleler.
De to kopier af et gen, en på hver af kromosomerne, indeholder hver en allel. Homozygositet opstår, når de to genkopier indeholder den samme allel for en bestemt fænotype eller udtrykt træk. Heterozygositet opstår, når de to alleler er forskellige. Fænotyper kan enten være dominerende eller recessive. Hvis en fænotype er dominerende, skal kun en af allelerne til den være til stede. Hvis det er recessivt, skal begge alleler være til stede.
Ifølge Utah State Office of Education kan en Punnett-firkant bruges til at forudsige sandsynligheden at en bestemt genotype vil forekomme hos afkom ved at tage de to forældres alleler og kombinere dem dem. Genotypen vil påvirke fænotypen, afhængigt af om alleler er dominerende eller recessive. Den grundlæggende Punnett-firkant er opdelt i fire mindre firkanter. Den ene forældres mulige gener er angivet over de to øverste firkanter, den anden ved siden af den går lodret ned ad venstre side. Store bogstaver betegner dominerende alleler, og små bogstaver angiver recessive alleler. For eksempel ville et homozygot dominerende gen for brune øjne blive skrevet som BB og et heterozygot som Bb. Et homozygot recessivt gen ville blive skrevet som bb. Ved at tage bogstaverne ved siden af hver firkant for et Bb x Bb-kryds ville sandsynligheden for en BB-genotype være 25 procent, Bb 50 procent og bb 25 procent. Med hensyn til fænotype har afkom 75 procent chance for at have brune øjne, fordi brune øjne er en dominerende fænotype, ifølge sciencekidsathome.com.