De to prokaryote kongeriger er Eubacteria og Archaea. En prokaryot er en relativt enkel encellet organisme; mere komplekse organismer (inklusive alle flercellede organismer) er eukaryoter. Tidligere havde der kun været ét kongerige af prokaryoter, kendt som Monera. Men da forskere opdagede nye og mere bizarre livsformer, måtte der oprettes et nyt kongerige.
Prokaryote egenskaber
I sammenligning med eukaryoter er prokaryoter relativt enkle, encellede organismer. Prokaryoter har kun en brøkdel af mængden af DNA som eukaryoter, og de mangler mere komplekse organeller såsom mitokondrier. Vigtigere er, at en prokaryot DNA ikke er indeholdt i en kerne (som er den vigtigste forskel mellem prokaryoter og eukaryoter), men i stedet fritflydende i cellen. Prokaryoter kan engagere sig i seksuel eller aseksuel reproduktion, og nogle har kloroplastorganeller, som giver dem mulighed for at lave deres egen mad gennem fotosyntese.
Eubakterier
Eubacteria Kingdom er det prokaryotiske rige, der har været kendt i mere end hundrede år, primært fordi disse er de bakterier, der forårsager sygdom hos mennesker (også kendt som en patogen). Der er tusindvis af kendte arter af eubakterier, selvom de generelt er opdelt efter deres former: stang, spiralformet og sfærisk. Eubakterier er vigtige for det globale økosystem, fordi de nedbryder dødt organisk materiale til nitrogen, som derefter returneres til atmosfæren og bruges til at befrugte planter.
Archaea
Archaea Kingdom er et relativt nyt prokaryotisk rige, og dets organismer adskiller sig fra eubakterierne på grund af det miljø, de lever i. Archaea adskiller sig fra næsten alle andre livsformer, fordi de kan overleve i ekstreme miljøer, såsom i bunden af havåbninger eller i surt vand. Ligesom eubakterier er der et stort udvalg af Archaea-arter, hvor nogle har evner, der ikke findes i nogen andre organismer, såsom Halobacterium, som bruger saltvand til at drive en protonpumpe, der giver den energi.
Virus
På trods af deres ligheder med eubakterier og Archaea betragtes vira ikke som prokaryote organismer, og derfor har de ikke deres eget rige. Mens de har genetisk information kodet i DNA som prokaryoter, har vira ikke andre organeller, og de opfører sig heller ikke som prokaryoter. Virus skal klæbe sig fast til cellerne i andre organismer for at reproducere sig; denne mangel på et uafhængigt reproduktionsmiddel er en vigtig grund til, at vira ikke klassificeres som en organisme.