Florida Keys økosystem består af forskellige levesteder, herunder mangrover, koralrev og pinelands, der er rige på unikke arter. Mennesker er også en del af økosystemet, og deres aktiviteter påvirker alle levesteder og de dyr og planter, der lever i dem. Keys-økosystemet er sammensat af et lille landområde, derfor forstærkes virkningerne af menneskelige aktiviteter. Virkningerne inkluderer vandforurening, øgede invasive arter, overfiskeri, negative effekter fra sejlads og byudvikling og globale klimaændringer.
Den menneskelige befolkning i området kendt som Sydøst Florida eller Florida Keys er vokset med over 3,9 millioner fra 1970 til 2008. Appelsinlunde har viket for boligudvikling, stripcentre, industri og motorveje. Disse ændringer har medført ødelæggelse af naturlige levesteder. Derudover er vandforureningen steget som følge af spildevandsrensning og septisk overløb og stormvandafstrømning, der indeholder olie, pesticider og tungmetaller ..
I 2010 var der 3,8 millioner besøgende på nøglerne. Mange af disse besøgende deltog i aktiviteter såsom fiskeri. Ud over at turister og beboere deltager i disse fritidsaktiviteter, er kommercielt fiskeri en stor industri i området. Overfiskning har udtømt arter i Keys-økosystemet, hvilket efterlader mindre fisk og ændrer interaktionerne mellem det komplekse madnett.
Sejlads i området har ikke kun ført til direkte skader på manater forårsaget af propeller, men propeller har også arret store områder af havgræs. Både går på grund og beskadiger koralrev, når ankre skraber over disse sarte formationer. Mere end 500 grundstødninger forekommer hvert år i tasterne. Dette ødelægger habitat og påvirker negativt hele fødekæden, hvilket fører til yderligere arterstab.
Når mennesker bevæger sig rundt, bringer de arter med sig fra andre områder, der kan frigives i økosystemet. Disse arter kan tage ophold og fordi de ikke har nogen rovdyr, bliver de meget succesrige, udkonkurrerende indfødte arter og ændrer dynamikken i hele økosystemet. Invasive dyr og planter i Florida Keys inkluderer løvefisk og guineagræs. Ud over alle disse lokale direkte og indirekte påvirkninger forudsiges virkningerne af global opvarmning at opvarme vandet i området med 4 til 10 grader Fahrenheit og hæve havets overflade og muligvis forårsage ændringer, der er for hurtige til, at økosystemet kan reparation.