Transmissionselektronmikroskop (TEM) og scanningselektronmikroskop (SEM) er mikroskopiske metoder til visning af ekstremt små prøver. TEM og SEM kan sammenlignes i præparationsfremstillingsmetoder og anvendelser af hver teknologi.
Begge typer elektronmikroskoper bombarderer prøven med elektroner. TEM er velegnet til at studere indersiden af objekter. Farvning giver kontrast, og skæringen giver ultratynde prøver til undersøgelse. TEM er velegnet til undersøgelse af vira, celler og væv.
Prøver undersøgt af SEM kræver en ledende belægning såsom guld-palladium, kulstof eller platin for at indsamle overskydende elektroner, der ville skjule billedet. SEM er velegnet til at se overfladen af objekter såsom makromolekylære aggregater og væv.
En elektronkanon producerer en strøm af elektroner, der er fokuseret af en kondensorlinse. Den kondenserede stråle og transmitterede elektroner er fokuseret af en objektivlinse ind i et billede på en fosforbilledskærm. Mørkere billedområder indikerer, at der blev transmitteret færre elektroner, og at disse områder er tykkere.
Som med TEM produceres og kondenseres en elektronstråle af en linse. Dette er en kurslins på SEM. En anden linse danner elektronerne i en tæt, tynd stråle. Et sæt spoler scanner strålen på samme måde som fjernsynet. En tredje linse leder strålen ind i det ønskede afsnit af prøven. Strålen kan dvæle ved et bestemt punkt. Strålen kan scanne hele prøven 30 gange i sekundet.