Mississippi-floden er hjemsted for en række vandplanter og dyr i et komplekst, sammenkoblet økosystem. Vandplanter giver mad og ly til mange forskellige arter i floden og kan være lige så små som de encellede alger. Mississippi-floden har en række dyr, fra hvirvelløse dyr til fisk, frøer og andre.
Alger
Ifølge Iowa Department of Natural Resources er Mississippi vært for to hovedtyper af alger: grøn og blågrøn. Grønalger er den grundlæggende biologiske komponent i ethvert sundt økosystem; de skaber store kolonier, der kan give vandet en grønlig støbning. Blågrønne alger er mindre ønskelige og betragtes som generende alger. De er forbundet med stressede økosystemer og kan forårsage ubehagelige smagsstoffer i fisk eller dræbe hele befolkningen.
Duckweed
Denne fælles fritflydende plante har et enkelt lille blad og rødder, der dingler i vandet for at suge næringsstoffer op. Som angivet ved navnet er andemad en vigtig fødekilde for mange vandfugle.
Vandliljer
Hvide åkander er et almindeligt sted i Mississippi-floden og består af store, flydende blade med en læderagtig tekstur. De producerer store hvide blomster oven på bladene og er rodfæstet i mudderet nedenfor.
Krebs
Også kaldet languster eller crawdads, disse krebsdyr ligner små hummer. De er primært bundfoder og spiser løv fra andre dyr, kød og små dyr. Både indfødte og invasive krebs lever i Mississippi-floden.
Havkat
Kanalkat er et almindeligt syn i Mississippi-floden. De er den mest talrige type havkat. Disse fisk kan vokse til overraskende størrelser og holder sig primært til flodbunden. De er bemærkelsesværdige for deres tendens til at ramme mange forskellige slags lokkemad, men de bør sjældent spises på grund af faren for PCB (polykloreret biphenyl) forurening.
Leopard Frog
Disse plettede frøer kaldes også engfrøer. De bor i og omkring Mississippi-floden. De tjener ofte som en miljøindikatorart på grund af deres modtagelighed for forurenende stoffer og forurenende stoffer. De tilbringer det meste af deres tid langs margenen af vandløb og andre vandområder og spiser mest insekter, leddyr og andre hvirvelløse dyr.
