Hajer er måske ikke de sødeste truede dyr, men fra 2011 er de i problemer. Den Internationale Naturbeskyttelsesunion opregner 143 hajarter som "truede" eller "kritisk truede" "næsten truede" eller "sårbare" på sin "røde List, og 210 mere er angivet som "data mangler." Mindre end en fjerdedel af de kendte hajarter i 2011 blev klassificeret som "mindst bekymrende", som under ingen øjeblikkelig trussel.
Åbent hav
Pelagiske eller oceaniske hajer beboer det dybe vand i det åbne hav. Truede pelagiske hajer inkluderer den berømte, og dårligt vildledte, store hvide haj. Også den største hajart, basking og hvalhajer, er bekymrende. Den bredt distribuerede blå haj er talrig fra 2011, men den er klassificeret som næsten truet, fordi cirka 20 millioner individer fanges af mænd hvert år. Ifølge World Wide Fund for Nature tegner hajfinneindustrien sig for omkring halvdelen af dette antal.
Kontinentalsokkel
Kontinentalsoklen, grænsen mellem landmasser og havbassiner, er hjemsted for et stort udvalg af hajer. Mange af dem vides at være i fare, herunder seks arter af de bizarre hammerhajer og 13 arter af engelhaj. Andre er angivet som mangelfuld.
Kyst
Hajer, der hyppigt kystregioner er sårbare over for menneskelige aktiviteter. På grund af den reelle eller opfattede risiko for svømmere er disse hajer undertiden udsat for forsætlige udryddelsesforsøg. De er også let tilgængelige for vildtfiskere. Truede kystarter inkluderer den potentielt farlige tigerhaj, et mål for kommercielt fiskeri, vildtfiskere og hajbekæmpelsesprogrammer. Den truede og sårbare liste er også harmløs (for mennesker) hajer som sandtigerhajen.
Havbund
Benthiske hajer, dem hvis hjem primært er havbunden, inkluderer flertallet af de mindre hajer som hunde og kattehajer. Man ved ikke meget om de fleste af disse hajer. For eksempel lister IUCN de fleste arter af kattemark som "data mangelfuld", med nogle få, der vides at være truet.
