Mojave-ørkenen er hjemsted for flere hurtigt voksende ørkensamfund og er tilgængelig for store befolkninger, der grænser op til ørkenen. Forurening fra by-, landbrugs- og mineaktiviteter påvirker Mojaves sarte ørkenøkosystemer alvorligt og sætter også menneskers sundhed i fare. Derudover bruger et stort antal mennesker Mojave til rekreation og forårsager yderligere nedbrydning.
Vandforurening
•••Jupiterimages / Photos.com / Getty Images
Vand er en knap ressource i Mojave. Næsten alt vand til boliger, industri og landbrug kommer fra grundvand. Vandkilder er allerede overallokeret. Baseret på fremskrivninger af befolkningsvækst forudsiges det, at efterspørgslen vil overstige udbuddet i vores levetid. Vandudtømning dræner vådområder og floder og ødelægger habitat for mange fiskearter og dyreliv, hvoraf nogle er unikke for Mojave. Noget vand returneres til akviferer og overfladevand, men fordi dette vand dræner fra by-, landbrugs- og minedrift, er det ofte forurenet med kemikalier, metaller og næringsstoffer.
Invasive planter
•••Stockbyte / Stockbyte / Getty Images
Kvælstofberigelse af jord forårsaget af tørt fald af forurenende stoffer fra luften sammen med jordforstyrrelser har gjort Mojave til et paradis for invasive planter. Forskydning af indfødte plantearter efter invasive arter har mange skadelige påvirkninger på Mojave-økosystemet. Invasive planter er muligvis ikke egnede til indfødte dyreliv, som ofte er afhængige af oprindelig vegetation for mad eller husly. Derudover kommer den stigende mangfoldighed af introducerede planter potentialet for invasion af introducerede dyr. Nogle almindelige invasive plantearter er saltcedar, bromgræs, flerårig pepperweed og russisk tidsel. Disse arter vokser over meget større områder end indfødte planter, hvilket giver ekstra brændstof til brande, der er blevet hyppigere og mere intense. Dette er et stort problem for Mojave-økosystemer, som ikke er vant til hyppig afbrænding.
Luftforurening
•••Photos.com/Photos.com/Getty Images
Der er to hovedkilder til luftforurening i Mojave. Den første er smog, der transporteres ind i ørkenen fra grænsende byer. Smog indeholder høje koncentrationer af kulilte og nitrogendioxid samt ozon, partikler og metaller. Disse luftforurenende stoffer forårsager dårlig synlighed, menneskers sundhedsproblemer og skader på planter og dyr. Den anden kilde er forstyrrelse af ørkenjord forårsaget af aktiviteter som off-road rekreation, landbrug, konstruktion af infrastruktur, militære træningsøvelser og minedrift. Disse aktiviteter genererer støv, som kan samles i store fjer. Dette har vist sig særligt at skade ørkenvegetationen. I en artikel, der blev offentliggjort i august 1997-udgaven af "Journal of Applied Ecology", fandt forskere, at vindblæst støv reducerede fotosyntesehastigheder for tre indfødte Mojave-plantearter ved at forhindre gasudveksling og transpiration og forårsage reduceret effektivitet af vandforbrug.
Kuldforurening
•••Jupiterimages / Photos.com / Getty Images
Mojave-ørkenen er kritisk levested for ørkenskilpadden, som nu er opført som truet af US Fish and Wildlife Service. Nedgangen i ørkenskilpadden kan helt tilskrives menneskeskabte habitatændringer. En artikel, der blev offentliggjort i januar 2007-udgaven af "den vestlige nordamerikanske naturforsker", rapporterer om virkningen af strøelse på ørkenskilpadder i Mojave-ørkenen. Forfatterne bemærker, at død eller skade på skildpadder, der er fanget i strøelse, eller som spiser strøelse, ikke er roman. Efter at have været vidne til en skildpadde, der spiste en ballon, bemærkede de, at 178 nye balloner blæste ind på deres Mojave-undersøgelsessted i en periode på ni måneder. Mange andre typer dyreliv påvirkes også negativt af kasseret affald.